ДНК тесты и генеалогия

Сообщение

avramenko · #281 **avramenko** » 30 сен 2009, 00:14

MOCKBA: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), ( + 2020), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018) (+2019) (+2020 )
Насколько схожи другие еврейские народы с ашкеназами и друг с другом (2020)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

#282 **lolkha** » 07 мар 2017, 21:40

Юлия_П писал(а): Скажите, пожалуйста, какого порядка реально может быть родство с человеком, если совпадает 104 см с самым длинным участком 30 см? FTDNA оценивает наше родство как 3rd Cousin - 5th Cousin.
Совпадает фамилия по мужской линии и город. Но я знаю по этой линии только двоюродных, то есть имеющих общего деда. А тут родство более дальнее. Но насколько?

Какого размера второй по размеру совпадающий сегмент.
Какой результат тестов Y-DNA?

#283 **Юлия_П** » 07 мар 2017, 21:44

lolkha писал(а): Какого размера второй по размеру совпадающий сегмент.
Какой результат тестов Y-DNA?

А как это посмотреть в FTDNA?

#284 **lolkha** » 07 мар 2017, 22:06

Юлия_П писал(а):А как это посмотреть в FTDNA?

1. FF - В списке выберете человека и нажимите на кнопочку "Chromosome Browser".
Потом нажимите на "View this data in a table" - результаты можно download to Excel
2. Y DNA - какое различие и на скольких маркерах?

#285 **Юлия_П** » 07 мар 2017, 23:15

lolkha писал(а): 1. FF - В списке выберете человека и нажимите на кнопочку "Chromosome Browser".
Потом нажимите на "View this data in a table" - результаты можно download to Excel

Если я правильно понимаю, то второй 7.08.

lolkha писал(а): 2. Y DNA - какое различие и на скольких маркерах?

В разделе Y-DNA я его вообще не нахожу среди совпадений. Может, не там смотрю?

#286 **lolkha** » 07 мар 2017, 23:54

Юлия_П писал(а):Если я правильно понимаю, то второй 7.08.
В разделе Y-DNA я его вообще не нахожу среди совпадений. Может, не там смотрю?

1. Это очень старнно. Бросте мне всю табличку сегментов по email
2. Y-DNA - сколько маркеров вы тестировали? и сколько другой человек?

#287 **Юлия_П** » 08 мар 2017, 00:11

lolkha писал(а): 1. Это очень старнно. Бросте мне всю табличку сегментов по email

Этот человек по FF у меня шестой по убыванию, но с ним самый длинный кусок совпадает. Самый первый совпаденец у меня 123 см на 26 сегментах. Первые по величине 26.94, 11.04, 9.76, 8.46,... Как я понимаю, тут родство тоже очень дальнее?

lolkha писал(а): Y-DNA - сколько маркеров вы тестировали?

Делали последовательно несколько тестов, последний - 111.
Сколько другой человек - я не знаю. Это можно где-то увидеть?

#288 **Elena G.** » 08 мар 2017, 00:15

lolkha писал(а):
Юлия_П писал(а):Если я правильно понимаю, то второй 7.08.
В разделе Y-DNA я его вообще не нахожу среди совпадений. Может, не там смотрю?
1. Это очень старнно. Бросте мне всю табличку сегментов по email
2. Y-DNA - сколько маркеров вы тестировали? и сколько другой человек?

Насколько я понимаю у Юли У-ДНК по Захариным, а у Юлиного совпаденца - по Лившицам, так что У-ДНК совпадения и не должно быть.

#289 **lolkha** » 08 мар 2017, 00:20

При троюродном родстве, как правило будет больше чем один сегмент размером 20 или больше.
Так что тут похоже, более дальнее родство, но по несколькми линиям (Понятн, это все вероятности, так что все может быть)

У другого человека, в списке FF, если нажать на + справа, то откроется дополнительная информация и там под Tests Taken: - будет написано какой Y тест и Y-DNA Haplogroup

#290 **lolkha** » 08 мар 2017, 00:22

Elena G. писал(а): Насколько я понимаю у Юли У-ДНК по Захариным, а у Юлиного совпаденца - по Лившицам, так что У-ДНК совпадения и не должно быть.

Ну тогда, понятно

#291 **Юлия_П** » 08 мар 2017, 00:23

lolkha писал(а): У другого человека, в списке FF, если нажать на + справа, то откроется дополнительная информация и там под Tests Taken: - будет написано какой Y тест и Y-DNA Haplogroup

Y111

#292 **Юлия_П** » 08 мар 2017, 00:29

Elena G. писал(а): Насколько я понимаю у Юли У-ДНК по Захариным, а у Юлиного совпаденца - по Лившицам, так что У-ДНК совпадения и не должно быть.

А я и не сообразила... Но там не по Лившицам мужская линия - как раз Лившицы по женской, а по Аронсонам. За счёт чего находит совпадения в FF? По другим линиям? В принципе, в Полоцке все евреи - потомки одной семьи, так что все родственники. Но у меня нет уверенности, что Аронсон тоже из Полоцка. Они приехали в Америку с разницей в год и поженились уже там, а не в России. Аронсон по ФИО и году рождения вообще очень похож на одного моего одесского фигуранта (корнями по мужской линии в Бресте), но, как назло, в алфавите за нужный год нет буквы А, а пересматривать всю книгу у меня сейчас нет возможности

.

#293 **lolkha** » 08 мар 2017, 00:33

Юлия_П писал(а):А я и не сообразила... Но там не по Лившицам мужская линия - как раз Лившицы по женской, а по Аронсонам. За счёт чего находит совпадения в FF? По другим линиям? В принципе, в Полоцке все евреи - потомки одной семьи, так что все родственники. Но у меня нет уверенности, что Аронсон тоже из Полоцка. Они приехали в Америку с разницей в год и поженились уже там, а не в России. Аронсон по ФИО и году рождения вообще очень похож на одного моего одесского фигуранта (корнями по мужской линии в Бресте), но, как назло, в алфавите за нужный год нет буквы А, а пересматривать всю книгу у меня сейчас нет возможности .

Да, FF по всем линиям.

#294 **MCB** » 08 мар 2017, 02:37

lolkha писал(а): Да, FF по всем линиям.

а может и нет так никакого совпадения на 30 см - они же не фазируют хромосомы, сравнивая 2-х людей, так что может 15 по одной линии на одной хромосоме, 15 на другой. Или еще меньшие кусочки вразбивку один рядом с другим.

#295 **lolkha** » 08 мар 2017, 02:52

MOCKBA писал(а): а может и нет так никакого совпадения на 30 см - они же не фазируют хромосомы, сравнивая 2-х людей, так что может 15 по одной линии на одной хромосоме, 15 на другой. Или еще меньшие кусочки вразбивку один рядом с другим.

Теоретически, может.
Хотя, я где-то читал (не сохранил ссылку), что чем длиннее сегмент, тем меннше вероятнотсть такого. При размере 25-30 - вероятность этого очень близка к нулю.
Когда это происходит - чаще всего, когда кусочки этого комбинированного сегмента пришли от одного и того же предка, через разные линии.
так что родство скорее всего есть, только очень дальнее

#296 **MCB** » 08 мар 2017, 04:30

lolkha писал(а): Хотя, я где-то читал (не сохранил ссылку), что чем длиннее сегмент, тем меннше вероятнотсть такого. При размере 25-30 - вероятность этого очень близка к нулю.

скорее всего, это было обсуждение для "обычных" народностей, а не для нашего эндогамного племени с небольшим числом основателем, где одни и те же микросегменты тасуются из поколения в поколение? У меня, например, отец тоже протестирован, и я периодически вижу у нас общие сегменты с одним и тем же "совпаденцем", только у меня сегмент ... длиннее.
Есть еще одна фича алгоритмов, которая делает ашкеназские общие сегменты якобы длиннее, чем на самом деле имеется совпадений. Работает это так: если в каком-то месте имеется идеальное совпадение, затем небольшой участок неидеального совпадения, и затем снова все хорошо, то алгоритм включает промежуточный участок с неполным совпадением в сегмент, предполагая, что два совпадающих участка на флангах попались не случайно (как с Ашкеназами бывает), а просто анализ ошибся где-то в промежуточных маркерах.
Насчет распределения длин сегментов, вот классический подсчет, например: https://drive.google.com/file/d/0ByiUck ... A2NVU/view
Если "все честно" и совпадение обусловлено четвероюрдным родством, то получается где-то 30%-ная вероятность, что самый длинный сегмент превысит 25 сМ. Но отступите в прошлое еще на поколение, и эта вероятность падает до 6%, а для шестиюрдных - едва превышает 1%. Так что мой совет - если родство с вашим совпаденцем точно не ближе четевероюрдного, то может запросто быть и бесконечно далеким и выглядеть будет не лучше и не хуже...

#297 **Юлия_П** » 08 мар 2017, 12:21

MOCKBA писал(а): если родство с вашим совпаденцем точно не ближе четевероюрдного, то может запросто быть и бесконечно далеким

В том-то и дело, что я дальше двоюродных по мужской и троюродных по женской никого не знаю. Так что может и троюродные, и четвероюродные, и какие угодно.

Берта · #298 **Берта** » 08 мар 2017, 22:48

я сравнила себя с дядей. У меня самый длинный кусок Ашкенази - на 15й хромосоме, и выстраивается целая линия совпаденцев по этому куску, знать бы, от кого... Но у моего дяди тот же кусок разбит на два, поэтому, ирония, у него те же люди - совпаденцы меньшего порядка. Ну просто "порвался" его кусочек, встроился крошечный "русский участок" при кроссинговере, а у мамы моей, наверное, сохранился целый "кус" Ашкенази, но мамы уже нет. Компьютер тупо интерпретирует дядино родство по этой линии как более дальнее, чем мое. На самом деле - он ближе на поколение. Любопытно.

(А вообще-то уже видно, что "все родственники". Протестировала русскую тетю. У моих детей она показана как "материнско-отцовский родственник", так как мой папа и она - родственники с мужем (тоже русским) на уровне какой-то женщины. жившей в годы Петра Первого. И даже такое дальнее родство видно. Что же говорить о евреях, живших в "черте оседлости"? Конечно, все родня, и "линии" - условность).

#299 **lolkha** » 09 мар 2017, 01:29

MOCKBA писал(а): скорее всего, это было обсуждение для "обычных" народностей, а не для нашего эндогамного племени с небольшим числом основателем, где одни и те же микросегменты тасуются из поколения в поколение? У меня, например, отец тоже протестирован, и я периодически вижу у нас общие сегменты с одним и тем же "совпаденцем", только у меня сегмент ... длиннее.
Есть еще одна фича алгоритмов, которая делает ашкеназские общие сегменты якобы длиннее, чем на самом деле имеется совпадений. Работает это так: если в каком-то месте имеется идеальное совпадение, затем небольшой участок неидеального совпадения, и затем снова все хорошо, то алгоритм включает промежуточный участок с неполным совпадением в сегмент, предполагая, что два совпадающих участка на флангах попались не случайно (как с Ашкеназами бывает), а просто анализ ошибся где-то в промежуточных маркерах.
Насчет распределения длин сегментов, вот классический подсчет, например: https://drive.google.com/file/d/0ByiUck ... A2NVU/view
Если "все честно" и совпадение обусловлено четвероюрдным родством, то получается где-то 30%-ная вероятность, что самый длинный сегмент превысит 25 сМ. Но отступите в прошлое еще на поколение, и эта вероятность падает до 6%, а для шестиюрдных - едва превышает 1%. Так что мой совет - если родство с вашим совпаденцем точно не ближе четевероюрдного, то может запросто быть и бесконечно далеким и выглядеть будет не лучше и не хуже...

Да, аутосомный тесты для более чем четвероюродного родства очень ненадежны даже для не эндогманой популяции.
В той же статье была статистика, что у ашекназких евреев больше кусков 8-12 сМ. А больших - 20сМ и длиннее - статсистика очень близка к не эндогамных популяциям.

Что-же до Ваших примеров - они верные, но если верить той статье, общей статистической картины не меняют.
Например ситуация с двумя флангами - алгоритмы их склеивают, если разрыв достаточно небольшой. То есть, чтобы это "создало" намного более длинный сегмент - оба фланга должны быть достаточно длинны изначально, и разрыв маленький - если верить статистике -- это происходит не очень часто.

Но ключевое слово здесь - СТАТИСТИКА.

#300 **MCB** » 09 мар 2017, 02:53

lolkha писал(а): но если верить той статье, общей статистической картины не меняют

Надо бы найти, что это была за работа. Как правило, когда люди обсуждают эндогамность и ее эффекты на сегменты ДНК у потомков, они просто моделируют ситацию, вкоторой один и тот же предок появляется на двух ветвях древа. Для ашкеназов модель недостаточно адекватная, поскольку она не учитывает, что основателей рода - изначально ограниченное число.
Далее, у ftDNA алгоритм поиска совпадений не "штрафует" сегменты, подвергшиеся отбору под давлением среды (например, у ашкеназов, в районе главного локуса тканевой совместимости на 6-й хромосоме). Не говоря уж про то, что точные алгоритмы поиска совпадений потребляют многовато компьютерных мощностей, и для массивных баз типа ftDNA они предпочитают пользоваться сильными упрощениями.

#301 **lolkha** » 09 мар 2017, 03:34

Я пытаюсь найти, я где то сохрянял копию. Там было чисто статистика по ашкеназам, по резултатам выборки из тестов одной из 3 больших компаний, кажется FTDNA (точно не помню - не буду врать), не модели, а именно статистика по выборке из реальной базы.
Обсуждений и теорий, почему такие результаты - кажется не было.