ДНК тесты и генеалогия

Сообщение

avramenko · #1781 **avramenko** » 30 сен 2009, 00:14

MOCKBA: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), ( + 2020), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018) (+2019) (+2020 )
Насколько схожи другие еврейские народы с ашкеназами и друг с другом (2020)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

MRK · #1782 **MRK** » 20 мар 2022, 22:10

OfK писал(а): ↑
20 мар 2022, 18:13
...хочу сдать ДНК на еврейство...

Simona писал(а): ↑
20 мар 2022, 21:35
...ftdna, если шлют сейчас в Россию

В ФБ люди жалуются, что уже готовые образцы лежат на почте и не отправляются из-за отсутствия прямого авиасообщения...
Так что, боюсь, выбор сузился до российских компаний. Они худо-бедно определят этнические составляющие (что в принципе и требуется), а вот возможных совпаденцев будет кот наплакал. Но "за неимением гербовой пишем на обычной"...

#1783 **Simona** » 21 мар 2022, 00:25

MRK писал(а): ↑
20 мар 2022, 22:10
Они худо-бедно определят этнические составляющие

я бы переждала бы, тем более что этот анализ не достигнет главной цели по получению гражданства. А прабабушкина возможная еврейскость может и не проявиться и быть и статистическим мусором процентов на 3-5.

hikigaeru · #1784 **hikigaeru** » 21 мар 2022, 21:00

Simona писал(а): ↑
21 мар 2022, 00:25
Так что, боюсь, выбор сузился до российских компаний. Они худо-бедно определят этнические составляющие (что в принципе и требуется), а вот возможных совпаденцев будет кот наплакал.

Я как раз по причине возможных почтовых затруднений и нежелания с этим связываться делала тест в рф компании. Совпаденцев нашлось 225. Не так уж и мало. Потом я скачала у них же исходный файл за доп. плату и загрузила его везде - гедматч, ftDNA, myheritage, living DNA. Все работает, совпаденцев более 9 тысяч в итоге. Я нашла родственников по абсолютно неразработанный ранее линиям.

hikigaeru · #1785 **hikigaeru** » 21 мар 2022, 21:02

Добрый день, подскажите пожалуйста, у совпаденца длина 68сМ общая и наибольший 38 См - предполагаю, что его бабушка была тетей моего прадеда. Еврейская линия.
Соответствует ли длина нашего совпадения такой степени родства, или общий предок глубже?

OfK · #1786 **OfK** » 21 мар 2022, 21:17

Simona писал(а): ↑
21 мар 2022, 00:25
я бы переждала бы

Наверно Вы правы....

hikigaeru писал(а): ↑
21 мар 2022, 21:00
делала тест в рф компании

Если не секрет, в какой?

#1787 **Simona** » 21 мар 2022, 23:31

hikigaeru писал(а): ↑
21 мар 2022, 21:00

Simona писал(а): ↑
21 мар 2022, 00:25
Так что, боюсь, выбор сузился до российских компаний. Они худо-бедно определят этнические составляющие (что в принципе и требуется), а вот возможных совпаденцев будет кот наплакал.
Я как раз по причине возможных почтовых затруднений и нежелания с этим связываться делала тест в рф компании. Совпаденцев нашлось 225. Не так уж и мало. Потом я скачала у них же исходный файл за доп. плату и загрузила его везде - гедматч, ftDNA, myheritage, living DNA. Все работает, совпаденцев более 9 тысяч в итоге. Я нашла родственников по абсолютно неразработанный ранее линиям.

но тут же речь была об определении принадлежности прабабушки, я бы на рф компании в этом не полагалась бы, у меня к ним недоверие (вот это "худо-бедно" из цитаты выше)

Опять же не факт, что в будущем в России будет интернет, даже через впн.

hikigaeru · #1788 **hikigaeru** » 22 мар 2022, 21:22

OfK писал(а): ↑
21 мар 2022, 21:17
Если не секрет, в какой?

В Генотеке

#1789 **MCB** » 23 мар 2022, 11:21

hikigaeru писал(а): ↑
22 мар 2022, 21:22

OfK писал(а): ↑
21 мар 2022, 21:17
Если не секрет, в какой?
В Генотеке

А у них много СНИПов на игрек, вы не в курсе? В сырых данных можно просто посчитать число рядов в таблице, или бросить в калькулятор Morley...

hikigaeru · #1790 **hikigaeru** » 24 мар 2022, 16:48

MOCKBA писал(а): ↑
23 мар 2022, 11:21
А у них много СНИПов на игрек, вы не в курсе? В сырых данных можно просто посчитать число рядов в таблице, или бросить в калькулятор Morley...

Честно говоря, не знаю - я совсем новичок в генетической генеалогии, первый раз всем этим занимаюсь. У них вроде нет отдельного теста для мужчин по Y хромосоме, только один для всех, как я поняла, он называется аутосомный.

aleks6000 · #1791 **aleks6000** » 27 мар 2022, 16:29

MOCKBA писал(а): ↑
23 мар 2022, 11:21

hikigaeru писал(а): ↑
22 мар 2022, 21:22
В Генотеке
А у них много СНИПов на игрек, вы не в курсе? В сырых данных можно просто посчитать число рядов в таблице, или бросить в калькулятор Morley...

https://forum.molgen.org/index.php/topic,10713.0.html

"каких-то специальных исследований по Y-хромосоме они не проводят. Из ответа представителя компании на моё письмо: "мы не анализируем STR-маркеры, мы расшифровываем и анализируем на Y-хромосоме около 1 500 SNP-маркеров. Мы определяем по Y-хромосоме гаплгоруппу и ближайший субклад. Мы не анализируем глубоко субклады гаплгорупп."

#1792 **MCB** » 28 мар 2022, 11:07

aleks6000 писал(а): ↑
27 мар 2022, 16:29
SNP

отлично, то, что надо!

aleks6000 · #1793 **aleks6000** » 28 мар 2022, 19:12

По моему личному опыту скажу что Генотек смотрит по Y не очень глубоко, если потом это скормить в предиктор Морли то получается не лучше.
У меня Генотек определил Q-L245 (Q1b1a1), предиктор нашел его же, дальше не увидел. А вот по 111 STR от FTDNA предиктор уже хорошо выдает - Q L275>> L245> Y2209 (possibly Y2197(532=12)) 100%

#1794 **MCB** » 28 мар 2022, 20:56

aleks6000 писал(а): ↑
28 мар 2022, 19:12
По моему личному опыту скажу что Генотек смотрит по Y не очень глубоко, если потом это скормить в предиктор Морли то получается не лучше.
У меня Генотек определил Q-L245 (Q1b1a1), предиктор нашел его же, дальше не увидел. А вот по 111 STR от FTDNA предиктор уже хорошо выдает - Q L275>> L245> Y2209 (possibly Y2197(532=12)) 100%

У меня надо подтвердить родство двух предполагаемых ветвей семьи, разделившихся 200 лет назад. Слишком высокого разрешения может и не понадобиться, но люди, для которых я уже купил наборы 23эндМи - в РФ и боятся посылать образцы со всем нынешним дерьмоштормом насчет биоматериалов

aleks6000 · #1795 **aleks6000** » 29 мар 2022, 02:57

Если 200 лет, то можно в Генотеке потом скачать аутосомный файл и залить его на ftdna, там сделать family finder. Или на myheritage, или на Gedmatch. В 23andme не получится.

То есть, какой-то общий Y DNA будет (если будет) , а аутосомы покажут остальное.

Pimenov · #1796 **Pimenov** » 07 май 2024, 20:11

Здравствуйте!

Загрузил папин тест на анцестри (P), там еще с 2018 года его 4-юродный брат (A). Оба половинки и совпадение скорее небольшое 92/32.
И там же 4-юродная сестра (N), она четвертинка, и троюродная сестра A т.е. идеальный тест для того чтобы отделить совпаденцев A по дедушке и по бабушке Призент (кузине папиной бабушки Презент).
Правда с ней совпадение совсем странное:
P and N
Shared DNA: 22 cM across 2 segments
Unweighted shared DNA: 53 cM
Longest segment: 47 cM

C N общих совпадений у папы нет вообще (!), кроме A.
C A есть несколько уверенных общих совпадений --- MTr (половинка) и ее юный сын TTr (четвертинка) (но MTr усыновлена и хотя знает имя своего отца-еврея 1914-2003, но никаких подробностей, чтобы двигаться наверх)
А также (скорее всего брат и сестра) PС и DС лет 60 и еще девушка 1978 года рождения JL.
У всех у них нулевые совпадения с N!
Означает ли это, что заведомо совпадение не может идти по Презентам?
Но могут ли общие совпаденцы быть случайными по боковым линиям --- цифры уверенно показывают, что A на одно поколение ближе к общим совпаденцам (3.5 vs 4.5), чем P, за исключением JL где примерно одинаковое
4.5 юродное родство.

P and MTr (50%)
Shared DNA: 67 cM across 3 segments
Unweighted shared DNA: 83 cM
Longest segment: 38 cM

P and TTr
Shared DNA: 55 cM across 2 segments
Unweighted shared DNA: 74 cM
Longest segment: 39 cM

P and PC
Shared DNA: 49 cM across 5 segments
Unweighted shared DNA: 74 cM
Longest segment: 23 cM

P and DC
Shared DNA: 42 cM across 6 segments
Unweighted shared DNA: 75 cM
Longest segment: 18 cM

P and JL
Shared DNA: 30 cM across 6 segments
Unweighted shared DNA: 63 cM
Longest segment: 17 cM

----------------------------
A and N
Shared DNA: 180 cM across 9 segments
Longest segment: 37 cM

A and MTr (50%)
Shared DNA: 178 cM across 8 segments
Longest segment: 45 cM

A and TTr (son of MTr)
Shared DNA: 108 cM across 5 segments
Longest segment: 34 cM

A and PC
Shared DNA: 146 cM across 9 segments
Longest segment: 33 cM

A and DC
Shared DNA: 115 cM across 6 segments
Longest segment: 34 cM

A and JL
Shared DNA: 23 cM across 5 segments
Unweighted shared DNA: 74 cM
Longest segment: 29 cM
------------------------------------------------------------------

Известный контекст следующий.

Общий предок Ицка Призент был забран в рекруты в 1852 из Дубровны и вышел в отставку в Духовщине.
Его внучка (бабушка А) вышла замуж внука духовщинского купца Янкеля Израилевича Тумаркина, который проживал в Духовщинском уезде с 1870, а то и ранее.
Все потомки родителей дедушки А, как и девичья фамилия матери дедушки известны, странно правда, что никто из них не сдал ДНК-тест (или не выложил на gedmatch).

Сын Ицки, который дед моей бабушки женился в Торопец на дочери другого Николаевского соладта Безпрозванного и там родили бабушкину маму (так что эндогамию по этой линии можно отвергнуть), про жену Лейзера Безпрозванного ничего не известно, даже имени. Можно с натяжкой гадать, что она родня дедушке А, мне такое кажется маловероятным, брак скорее между детьми сослуживцев, чем родственников.
Более того, цифры P с А вроде бы уверенно показывают, что никакого родства, кроме как по линии Презентов не стоит предполагать.

Означает ли весь этот набор данных, что бабушкин отец Тилевич должен быть родней Тумаркиным?
Про Тилевичей известно мало, так как прапрадед жил по чужому паспорту, но жену он вроде бы раздобыл в Мстиславле, другие места --- Стодолище (Рославльского уезда), Петровичи и Белев тульской губернии.
Все потомки прапрадеда известны, но внуков у него уже не осталось.

В Духовщину неведомым образом женился в 1917 или 1916 брат прадеда --- на общей кузине папиной бабушки и бабушки А.

При этом все равно остается вопрос, каким образом гипотетическое неотслеженное родство могло не дать прибавки к 92/32.

----------------------------------------------------
Заодно вопрос про алгоритм ancestry --- когда он при взвешивании понижает вес сегментов?

хая шулькина · #1797 **хая шулькина** » 08 май 2024, 08:27

avramenko писал(а): ↑
23 окт 2009, 17:52
Ура!!! только что 23andme открыла новую функцию "ralative finder". Система мне сразу обнаружила 3 четвероюродных братьев и целую кучу пятиюродных, не говоря уже о других n-юродных. Ума не приложу откуда у меня их столько и тем более в Америке. Послал им приглашение дружить и жду ответа.

а

Читаю с улыбкой....3 года назад,когда пришел результат моего теста на Ancestry,я тоже начала писать письма :Дорогой четвероюродный кузен!
И тут облом-нет общих фамилий,не было у меня хорошего дерева,все,что знала-4 фамилии бабушек и дедушек,их года рождений и места рождений...Это сегодня я понимаю.
Спасибо тем людям,которым я писала,они с пониманием отнеслись к моему незнанию,кто-то ответил,кто-то нет...

Tatio · #1798 **Tatio** » 09 май 2024, 18:12

Pimenov, если есть большие куски >20 сМ то родство почти наверняка есть , чем больше кусок - чем больше шанс что это еще относительно недавно. Но: большие куски могут и передаваться из поколения в поколение ( у меня и папы с абсолютно одинаковый кусок в 73 сМ), а у папиной сестры этого куска нет.
Поэтому больших результатов ДНКа без генеалогии не приносит - просто иногда позволяет более целенаправлено работать над деревом при наличии триангуляций.