ДНК тесты и генеалогия
Модератор: MCB
- avramenko
- Сообщения: 195
- Зарегистрирован: 10.08.2009
- Откуда: Литва, Голландия
- Поблагодарили: 16 раз
- Контактная информация:
ДНК тесты и генеалогия
MOCKBA: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.
Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)
Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами
Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), ( + 2020), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)
+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018) (+2019) (+2020 )
Насколько схожи другие еврейские народы с ашкеназами и друг с другом (2020)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)
Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)
Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами
Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), ( + 2020), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)
+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018) (+2019) (+2020 )
Насколько схожи другие еврейские народы с ашкеназами и друг с другом (2020)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)
- MCB
- Сообщения: 5970
- Зарегистрирован: 23.01.2016
- Откуда: Америка
- Благодарил (а): 2026 раз
- Поблагодарили: 2336 раз
ДНК тесты и генеалогия
https://us.dantelabs.com/collections/ou ... 4thJuly_US
Dante Labs предлагает полное секвенирование генома за $499, с серьезным качеством. Эта недешевая даже после крутых скидок игрушка позволяет определить, кто из ваших совпаденцев по обычным генеалогическим анализам ДНК "настоящий", а кто "совпал случайно" из-за ашкеназской эндогамности, и как давно были общие предки в каждом совпадающем сегменте. Так что в типичном ашкеназском стоге сена "слабых совпаденцев" можно будет отыскать ту самую иголочку. Но тестировать каждого из наших тысяч перспективных совпаденцев за полтыщи баксов все-таки слегка накладно ))
Dante Labs предлагает полное секвенирование генома за $499, с серьезным качеством. Эта недешевая даже после крутых скидок игрушка позволяет определить, кто из ваших совпаденцев по обычным генеалогическим анализам ДНК "настоящий", а кто "совпал случайно" из-за ашкеназской эндогамности, и как давно были общие предки в каждом совпадающем сегменте. Так что в типичном ашкеназском стоге сена "слабых совпаденцев" можно будет отыскать ту самую иголочку. Но тестировать каждого из наших тысяч перспективных совпаденцев за полтыщи баксов все-таки слегка накладно ))
ДНК тесты и генеалогия
А обратно вы материал как отправляли? Просто почтой? У FTDNA вне Штатов вроде же нет предоплаченной пересылки?
ДНК тесты и генеалогия
В Молгене наоплен большой опыт по отправке материала :
http://forum.molgen.org/index.php/topic,5774.0.html
http://forum.molgen.org/index.php/topic,5774.0.html
- Simona
- Сообщения: 2244
- Зарегистрирован: 19.02.2011
- Откуда: Литва-Израиль
- Благодарил (а): 473 раза
- Поблагодарили: 438 раз
ДНК тесты и генеалогия
обязательно заказным письмом, в их конверте. стоит порядка 15 шах, не помню точно, не я сама отсылала.
Зависит от веса, конечно, я запихала 3 набора в один конверт, чтобы сэкономить , все дошло нормально (ну разве что именно мой тест занял на 2 недели дольше двух собратьев по конверту )
- Simona
- Сообщения: 2244
- Зарегистрирован: 19.02.2011
- Откуда: Литва-Израиль
- Благодарил (а): 473 раза
- Поблагодарили: 438 раз
ДНК тесты и генеалогия
Здравствуйте, нужна помощь в интерпретации аутосомного теста.
Исходные данные: мужчина , выходец из Египта, с материнской стороны легенда о Сирии как стране исхода в Египет, отец вроде бы из Египта.
Сам мужчина светлокожий с голубыми глазами, потому прошел тест, из любопытства.
Итого, по фтдна:
52% сефард
23% Asia Minor
19% West Middle East
6% East Middle East
Есть ли какой-то инструмент, который позволит определить еврейскость этих 48%? Спасибо!
(гедматч выдал забавные местами предположения, одним из основных получился самаритянский след )
Исходные данные: мужчина , выходец из Египта, с материнской стороны легенда о Сирии как стране исхода в Египет, отец вроде бы из Египта.
Сам мужчина светлокожий с голубыми глазами, потому прошел тест, из любопытства.
Итого, по фтдна:
52% сефард
23% Asia Minor
19% West Middle East
6% East Middle East
Есть ли какой-то инструмент, который позволит определить еврейскость этих 48%? Спасибо!
(гедматч выдал забавные местами предположения, одним из основных получился самаритянский след )
- Yulita
- Сообщения: 107
- Зарегистрирован: 24.09.2009
- Откуда: Киев
- Благодарил (а): 44 раза
- Поблагодарили: 7 раз
ДНК тесты и генеалогия
Решила вынести сюда сообщение из своей фамильной темы.
Недавно на 23endMe у моей бабушки появился самый близкий родственник с 12,1% совпадения генома. Радовалась я шумно, но недолго, он оказался бабушкиным внучатым племянником (внук бабушкиной родной сестры), который у меня в дереве уже есть и ничего, кроме алгоритма отработки связей в 23endMe, добавить к моему поиску может.
А после него сразу появилась вторая потенциальная ближайшая родственница с 6,45% совпадения генома (следующий после нее имеет уже только 1,78%). Предиктор показывает ее как "First to Second Cousin".
Вот так выглядят их сравнительные геномы с бабушкой( слева - внучатый племянник, справа - потенциальная родственница):
После мучительной переписки с ближайшей "родственницей" и выдирания из нее клещами информации, оказалось, что бабушка у нее была Эстер Бляхер, которая приехала в Канаду вместе с сестрой и мужем до 1920 года. Мужем был Sam (Zusha) Jaslow.
Понятно, что имя и фамилию он поменял уже в Канаде.
Ее история очень похожа на историю сестры прадеда: Эстер Бляхер вышла замуж за Заславского и около 1914 года уехала с ним в Канаду.
Фамилия Заславский вполне могла трансформироваться в Яслов, но не хочется гадать на кофейной гуще.
Накидала Рене ссылок на канадские базы и попросила сообщить, если найдет своих, но, боюсь, что ждать буду до бесконечности, очень уж из нее тяжело вытянуть хоть какую-то информацию
Недавно на 23endMe у моей бабушки появился самый близкий родственник с 12,1% совпадения генома. Радовалась я шумно, но недолго, он оказался бабушкиным внучатым племянником (внук бабушкиной родной сестры), который у меня в дереве уже есть и ничего, кроме алгоритма отработки связей в 23endMe, добавить к моему поиску может.
А после него сразу появилась вторая потенциальная ближайшая родственница с 6,45% совпадения генома (следующий после нее имеет уже только 1,78%). Предиктор показывает ее как "First to Second Cousin".
Вот так выглядят их сравнительные геномы с бабушкой( слева - внучатый племянник, справа - потенциальная родственница):
После мучительной переписки с ближайшей "родственницей" и выдирания из нее клещами информации, оказалось, что бабушка у нее была Эстер Бляхер, которая приехала в Канаду вместе с сестрой и мужем до 1920 года. Мужем был Sam (Zusha) Jaslow.
Понятно, что имя и фамилию он поменял уже в Канаде.
Ее история очень похожа на историю сестры прадеда: Эстер Бляхер вышла замуж за Заславского и около 1914 года уехала с ним в Канаду.
Фамилия Заславский вполне могла трансформироваться в Яслов, но не хочется гадать на кофейной гуще.
Накидала Рене ссылок на канадские базы и попросила сообщить, если найдет своих, но, боюсь, что ждать буду до бесконечности, очень уж из нее тяжело вытянуть хоть какую-то информацию
Каменецкие - Богуслав, Корсунь, Черкассы, Биробиджан, Ереван, Бляхер - Шпола, Черкассы, Биробиджан, Бурштейн- Матусов, Корсунь, Черкассы, Ярошевские - Ольшана, Шпола.
- Simona
- Сообщения: 2244
- Зарегистрирован: 19.02.2011
- Откуда: Литва-Израиль
- Благодарил (а): 473 раза
- Поблагодарили: 438 раз
ДНК тесты и генеалогия
исправляю вводные данные после дополнительного исследования:
Здравствуйте, нужна помощь в интерпретации аутосомного теста.
Исходные данные: мужчина , выходец из Египта, с материнской стороны - выходцы из Халеба в Сирии как стране исхода в Египет, с отцовской - тоже из Халеба и тоже в Египет.
Сам мужчина светлокожий с голубыми глазами, потому прошел тест, из любопытства.
Итого, по фтдна:
52% сефард
23% Asia Minor
19% West Middle East
6% East Middle East
Есть ли какой-то инструмент, который позволит определить еврейскость этих 48%? Спасибо!
(гедматч выдал забавные местами предположения, одним из основных получился самаритянский след )
Здравствуйте, нужна помощь в интерпретации аутосомного теста.
Исходные данные: мужчина , выходец из Египта, с материнской стороны - выходцы из Халеба в Сирии как стране исхода в Египет, с отцовской - тоже из Халеба и тоже в Египет.
Сам мужчина светлокожий с голубыми глазами, потому прошел тест, из любопытства.
Итого, по фтдна:
52% сефард
23% Asia Minor
19% West Middle East
6% East Middle East
Есть ли какой-то инструмент, который позволит определить еврейскость этих 48%? Спасибо!
(гедматч выдал забавные местами предположения, одним из основных получился самаритянский след )
- MCB
- Сообщения: 5970
- Зарегистрирован: 23.01.2016
- Откуда: Америка
- Благодарил (а): 2026 раз
- Поблагодарили: 2336 раз
ДНК тесты и генеалогия
Обратите внимание, что Сирия и Ливан занимают не совсем обычное место в спектре генетического разнообразия ближневосточно-средиземноморского региона из-за того, что в них обитает целый спектр этноконфессиональных групп, которые долгое время пребывали в состоянии эндогамной изоляции, а исторически имели предков из разнообразных мест. Есть и мигранты конца 19 - ХХ веков, от кавказских мухаджиров до армян и айсоров, выживших турецкие депортации ПМВ. Это не единообразное целое, а скорее лоскутное одеяло, и его лоскутки слишком слабо преставлены в базах данных лабораторий. Поэтому ожидать от современного генетического теста, что он надежно определит Сирию как регион происхождения, не стоит.
Зато следует ожидаеть, что потомки сирийцев будут озадачены результатами анализа, или сразу объявят его фейком (см. вот такую не по делу возмущенную статью https://gizmodo.com/how-dna-testing-bot ... 1820932637 , автор которой считает, что им нарочно наврали, что у них часть предков - итальянцы, а не сирийцы, но никогда не рассказывает, из какой этнической группы Сирии были ее американские предки; между тем в Сирии проживают католики-левантинцы, которые происходят от итальянцев, и конкретно в Халебе-Алеппо их было 9% населения). Жили в Халебе и алавиты, и курды, и друзы, и исмаилиты, и нусайриты - все эндогамные группы, члены которых, однако, могли иногда обратиться в суннитский ислам и вступить затем в брак с арабами-суннитами. Были там и евреи, в т.ч. потомки сефардов; и сейчас в Бруклине проживает традиционная община из Алеппо - они исповедуют иудаизм, но говорят по-арабски. Про их ДНК ничего не известно.
Так что если чья-то ДНК слегка более похожа на сефардскую из базы данных, чем на другие популяции из той же базы, и если это человек с корнями в Леванте, то еще бабушка надвое сказала.
- Simona
- Сообщения: 2244
- Зарегистрирован: 19.02.2011
- Откуда: Литва-Израиль
- Благодарил (а): 473 раза
- Поблагодарили: 438 раз
ДНК тесты и генеалогия
В данном случае там Коэны, Леви и (как оказалось) широко-распространенные Двеки из Халеба. Просто я пытаюсь идентифицировать имеет ли какие-то реальные корни легенда об Италии (часть семьи говорит, что в Халеб попали из Италии, другая часть говорит, что это только семья купила итальянские документы будучи в Каире). Но непонятно примешались ли там неевреи или нет.MOCKBA писал(а):Обратите внимание, что Сирия и Ливан занимают не совсем обычное место в спектре генетического разнообразия ближневосточно-средиземноморского региона из-за того, что в них обитает целый спектр этноконфессиональных групп, которые долгое время пребывали в состоянии эндогамной изоляции, а исторически имели предков из разнообразных мест. Есть и мигранты конца 19 - ХХ веков, от кавказских мухаджиров до армян и айсоров, выживших турецкие депортации ПМВ. Это не единообразное целое, а скорее лоскутное одеяло, и его лоскутки слишком слабо преставлены в базах данных лабораторий. Поэтому ожидать от современного генетического теста, что он надежно определит Сирию как регион происхождения, не стоит.
Зато следует ожидаеть, что потомки сирийцев будут озадачены результатами анализа, или сразу объявят его фейком (см. вот такую не по делу возмущенную статью https://gizmodo.com/how-dna-testing-bot ... 1820932637 , автор которой считает, что им нарочно наврали, что у них часть предков - итальянцы, а не сирийцы, но никогда не рассказывает, из какой этнической группы Сирии были ее американские предки; между тем в Сирии проживают католики-левантинцы, которые происходят от итальянцев, и конкретно в Халебе-Алеппо их было 9% населения). Жили в Халебе и алавиты, и курды, и друзы, и исмаилиты, и нусайриты - все эндогамные группы, члены которых, однако, могли иногда обратиться в суннитский ислам и вступить затем в брак с арабами-суннитами. Были там и евреи, в т.ч. потомки сефардов; и сейчас в Бруклине проживает традиционная община из Алеппо - они исповедуют иудаизм, но говорят по-арабски. Про их ДНК ничего не известно.
Так что если чья-то ДНК слегка более похожа на сефардскую из базы данных, чем на другие популяции из той же базы, и если это человек с корнями в Леванте, то еще бабушка надвое сказала.
- Nison
- Сообщения: 6508
- Зарегистрирован: 17.07.2009
- Откуда: Кострома
- Благодарил (а): 237 раз
- Поблагодарили: 1043 раза
- Контактная информация:
ДНК тесты и генеалогия
Халебские евреи (и ещё Исфаханские) это единственная община, где нет смешанных браков.
Руппо, Дрейзеншток, Гаухман (Камень, Лепельского района). Пуховицкий, Ефес, Рендар (Староселье, Шкловского района). Эйдельштейн (Мозырь). Эпштейн (Рига). Папков (Витебская область)
- Simona
- Сообщения: 2244
- Зарегистрирован: 19.02.2011
- Откуда: Литва-Израиль
- Благодарил (а): 473 раза
- Поблагодарили: 438 раз
- MCB
- Сообщения: 5970
- Зарегистрирован: 23.01.2016
- Откуда: Америка
- Благодарил (а): 2026 раз
- Поблагодарили: 2336 раз
ДНК тесты и генеалогия
Есть и новых способ оценить асимметрию заселения региона "пришлыми праотцами" и "местными праматерями": в дополнение к разнице между этническим составом Х-хромосом и аутосом, можно посмотреть еще и на разницу в генетическом разнообразии Х-хромосом и аутосом.MOCKBA писал(а): В латиноамериканских популяциях наблюдается статистически значимое обеднение европейского геноматериала на X-хромосомах (p < 1e-4) и обогащение индейской ДНК (p < 1e-2) по сравнению с аутосомами. У афроамериканцев X-хромосомы обеднены европейским генетическим материалом (p=1.03E-03)
В статье о генетической предистории Сардинии, оказывается, что их аутосомы имеют ~30% "древне-Сардинского" компонента, ныне характерного для жителей сардинского нагорья Дженнардженту; а вот на Х-хромосомах этот древний компанент представлен богаче (37%), указывая на заселение острова вторгшейся европейской популяцией с преобладанием мужчин.
Если же сравнить генетическое разнообразие (гетерозиготность) Х и аутосом, то у сардинцев этот показатель зашкаливает, указывая, что мигрировавших праотцов было сравнительно малое число, и их недостаточно разнообразные аутосомы разбавили генофонд современного населения. Примерно тот же эффект наблюдается у исландцев (где в число праматерй входили рабыни-ирландки, в то время как праотцов-викинг было меньше числом) и у басков (которые по игрек-хромосоме полностью происходят от вторгшихся индо-европейских мужчин, однако сохранили и аутосомный генофонд, и язык доиндоевропейских предков, указывая на то, что лингвистически пришельцы растворились в местном населении)
У вас нет необходимых прав для просмотра вложений в этом сообщении.
- MCB
- Сообщения: 5970
- Зарегистрирован: 23.01.2016
- Откуда: Америка
- Благодарил (а): 2026 раз
- Поблагодарили: 2336 раз
ДНК тесты и генеалогия
В сентябре 2018 года Анцестри ввело новый алгоритм определения этнического состава (который в течении нескольких предыдущих месяцев тестировался в бета-режиме). Думаю, что все из наших форумчан, кто анализировал ашкенаскую ДНК на Анцестри, уже заметили изменения: пропорция "Европейской Еврейской" ДНК у ашкеназов теперь обычно достигает 99-100%, а всякие "загадочные" испанские / средиземноморские / восточноевропейские и др. проценты, иногда весьма значительные в предыдущей версии, теперь упали практически до нуля.
Эти изменения связаны в основном с двумя факторами:
1) увеличение состава референтных наборов для этнических групп, и
2) переходом на использование снип-гаплотипов (наборов из сотен и тысяч близлежащих снипов) (вслед за первопроходцем этого подхода - 23andMe (см. viewtopic.php?p=135897#p135897 - но теперь используя более компьютеро-ёмкие, но и более точные математические процедуры)
Референтные наборы пополнились почти 15 тысячами новых образцов, и выросли впятеро. Больше всего новых образцов добавилось в Европе (где без этого трудно было различить между генетическими слишком сходными регионами) и в Юго-Восточной Азии (где ранее лаборатории и не заморачивались определением стран происхождения). "Европейские Евреи" представлены всего 200 образцами, но на гаплотипном уровне наша ДНК настолько отличается от ДНК других народов, что этого за глаза теперь хватает.
В референтные наборы добавляется ДНК добровольцев, у которых, согласно их деревьям, все предки на много колен из одного места и народа. Конечно, не всё, что на древе, всегда подтверждается по ДНК. Например, многие из их "чистокровных русских" больше походили на немцев, чем на славян. Для очистки референтной группы, Анцестри использовало очень старый и примитивный алгоритм PCA (метод главных компонент). В координатах PCA каждая группа предстает как облако точек - некоторые из них образуют густое скопление, другие располагаются поодаль, иногда даже ближе к соседнему скоплению, чем к "своему". Такие статистические выбросы (outliers) исключались из набора. Евреи на большинстве диаграмм PCA не так уж далеко отличаются от других народов, и поэтому любые полукровки сразу попадут в число статистических выбросов. Но если что-то к нам примешалось много поколений назад, особенно если с тех пор неплохо размешалось и разошлось по населению, то такую ДНК методом PCA не отбросить. Поэтому какое-то количество славянской, сефардской или какой там еще "исторически недавней" в сравнении с этногенезом ашкеназов, но и не совсем новой примеси - обязательно попадет в еврейский референтный набор (так, поясняет Анцестри на примере, среди их референтных японцев даже после очистки по PCA оказалось сколько-то с европейскими предками). Другой фильтр для референтного набора основан на ДНК-совпадениях (если у кандидатов в набор оказывается больше 20 сМ совпадений, то система предполагает, что они родственники, а это в идеальном референтном наборе недопустимо)
Теперь к алгоритму, сравнивающему вашу ДНК (как набор снипов) с референтными группами, погаплотипно блоками примерно по одному сантиморгану. 23andMe приписывало каждому такому блоку наиболее вероятное этническое происхождение, а затем сглаживало границы "раскрашенной по народностям" хромосомы. Анцестри использует статистическую модель с множеством альтернативных раскрасок, опирающуюся как на вероятности "альтернативных цветов раскраски", так и на вероятности того, что "цвет" поменяется от одного сегмента к следующему.
В любом случае для ашкеназов погаплотипное сравнение работает как часы, в сравнении с методами, которые рассматривали снипы на индивидуальной основе. Наши снипы бывают схожи и со средиземноморскими, и с ближневосточными, и со славянскими; конечно, в среднем смесь достаточно уникальна, но получить несколько процентов "Испании", "Италии", "Восточной Европы" или "Ближнего Востока" при старом анализе было обычным делом. Новых же анализ выдает 99% "Европейской Еврейской" ДНК для обычных ашкеназов.
Надо отметить, что не абсолютно все гаплотипы в еврейском референтном наборе уникальны для евреев, несмотря на очистку набора от статистических выбросов. Из-за этого в образцах со смешанным (частично еврейским) происхождением, в среднем новый алгоритм может завышать долю еврейского компонента, с завышением в среднем до 7% предсказанной величины (допустим, вместо 25% еврейской ДНК, вы увидите 26.5%).
По сравнению с большинством других регионов и народностей, это еще близко к идеалу. Хуже всего у Анцестри вышло с регионами внутри Африки, на которые есть социальный заказ от афроамериканских заказчиков. Из-за большого разнообразия внутри этих регионов и сравнительно малого числа референтных образцов, результаты иногда плачевные - например, 20% нигерийской ДНК не распознаются, а в смешанных образцах "нигерийский процент" может быть завышен вчетверо. В Европе хуже всего дела обстоят на Иберийском полуострове - например, несмотря на базу из 270 референтных образцов по Испании, треть испанской ДНК вообще не распознается (то есть распознается как португальская, французская и т.п.), а процент испанской крови может оказаться втрое завышен. (Было бы интересно, если бы Myheritage со своими генетически схожими референтными группами поделилась бы подобной информацией - насколько "успешно" они распознают "своих" и насколько часто промахиваются в составе смешанных образцов)
https://www.ancestrycdn.com/dna/static/ ... 118dbs.pdf
Эти изменения связаны в основном с двумя факторами:
1) увеличение состава референтных наборов для этнических групп, и
2) переходом на использование снип-гаплотипов (наборов из сотен и тысяч близлежащих снипов) (вслед за первопроходцем этого подхода - 23andMe (см. viewtopic.php?p=135897#p135897 - но теперь используя более компьютеро-ёмкие, но и более точные математические процедуры)
Референтные наборы пополнились почти 15 тысячами новых образцов, и выросли впятеро. Больше всего новых образцов добавилось в Европе (где без этого трудно было различить между генетическими слишком сходными регионами) и в Юго-Восточной Азии (где ранее лаборатории и не заморачивались определением стран происхождения). "Европейские Евреи" представлены всего 200 образцами, но на гаплотипном уровне наша ДНК настолько отличается от ДНК других народов, что этого за глаза теперь хватает.
В референтные наборы добавляется ДНК добровольцев, у которых, согласно их деревьям, все предки на много колен из одного места и народа. Конечно, не всё, что на древе, всегда подтверждается по ДНК. Например, многие из их "чистокровных русских" больше походили на немцев, чем на славян. Для очистки референтной группы, Анцестри использовало очень старый и примитивный алгоритм PCA (метод главных компонент). В координатах PCA каждая группа предстает как облако точек - некоторые из них образуют густое скопление, другие располагаются поодаль, иногда даже ближе к соседнему скоплению, чем к "своему". Такие статистические выбросы (outliers) исключались из набора. Евреи на большинстве диаграмм PCA не так уж далеко отличаются от других народов, и поэтому любые полукровки сразу попадут в число статистических выбросов. Но если что-то к нам примешалось много поколений назад, особенно если с тех пор неплохо размешалось и разошлось по населению, то такую ДНК методом PCA не отбросить. Поэтому какое-то количество славянской, сефардской или какой там еще "исторически недавней" в сравнении с этногенезом ашкеназов, но и не совсем новой примеси - обязательно попадет в еврейский референтный набор (так, поясняет Анцестри на примере, среди их референтных японцев даже после очистки по PCA оказалось сколько-то с европейскими предками). Другой фильтр для референтного набора основан на ДНК-совпадениях (если у кандидатов в набор оказывается больше 20 сМ совпадений, то система предполагает, что они родственники, а это в идеальном референтном наборе недопустимо)
Теперь к алгоритму, сравнивающему вашу ДНК (как набор снипов) с референтными группами, погаплотипно блоками примерно по одному сантиморгану. 23andMe приписывало каждому такому блоку наиболее вероятное этническое происхождение, а затем сглаживало границы "раскрашенной по народностям" хромосомы. Анцестри использует статистическую модель с множеством альтернативных раскрасок, опирающуюся как на вероятности "альтернативных цветов раскраски", так и на вероятности того, что "цвет" поменяется от одного сегмента к следующему.
В любом случае для ашкеназов погаплотипное сравнение работает как часы, в сравнении с методами, которые рассматривали снипы на индивидуальной основе. Наши снипы бывают схожи и со средиземноморскими, и с ближневосточными, и со славянскими; конечно, в среднем смесь достаточно уникальна, но получить несколько процентов "Испании", "Италии", "Восточной Европы" или "Ближнего Востока" при старом анализе было обычным делом. Новых же анализ выдает 99% "Европейской Еврейской" ДНК для обычных ашкеназов.
Надо отметить, что не абсолютно все гаплотипы в еврейском референтном наборе уникальны для евреев, несмотря на очистку набора от статистических выбросов. Из-за этого в образцах со смешанным (частично еврейским) происхождением, в среднем новый алгоритм может завышать долю еврейского компонента, с завышением в среднем до 7% предсказанной величины (допустим, вместо 25% еврейской ДНК, вы увидите 26.5%).
По сравнению с большинством других регионов и народностей, это еще близко к идеалу. Хуже всего у Анцестри вышло с регионами внутри Африки, на которые есть социальный заказ от афроамериканских заказчиков. Из-за большого разнообразия внутри этих регионов и сравнительно малого числа референтных образцов, результаты иногда плачевные - например, 20% нигерийской ДНК не распознаются, а в смешанных образцах "нигерийский процент" может быть завышен вчетверо. В Европе хуже всего дела обстоят на Иберийском полуострове - например, несмотря на базу из 270 референтных образцов по Испании, треть испанской ДНК вообще не распознается (то есть распознается как португальская, французская и т.п.), а процент испанской крови может оказаться втрое завышен. (Было бы интересно, если бы Myheritage со своими генетически схожими референтными группами поделилась бы подобной информацией - насколько "успешно" они распознают "своих" и насколько часто промахиваются в составе смешанных образцов)
https://www.ancestrycdn.com/dna/static/ ... 118dbs.pdf
- MCB
- Сообщения: 5970
- Зарегистрирован: 23.01.2016
- Откуда: Америка
- Благодарил (а): 2026 раз
- Поблагодарили: 2336 раз
ДНК тесты и генеалогия
Результаты опросаMOCKBA писал(а): Моя старая коллега Lara Diamond (в генеалогической жизни - блоггер, руководитель нескольких небольших проектов на ДГ, и председатель Еврейского Генеалогического об-ва в Балтиморе, а по жизни програмист) собирает базу по распределению величин совпадений ДНК у ашкеназов. Ее надежда - это что удастся рассчитать, насколько редко у ашкеназов, которые по-настоящему состоят в близком родстве, оказывается заметно больше совпадений, чем предказано. Пока набрала 4 тысячи пар родственников, и просит еще пар людей, у которых родство доподлинно известно, и есть результаты анализа. Есть желающие поделиться инфой?
https://larasgenealogy.blogspot.com/201 ... urvey.html
https://docs.google.com/forms/d/e/1FAIp ... w/viewform
https://larasgenealogy.blogspot.com/201 ... ta-by.html
- MCB
- Сообщения: 5970
- Зарегистрирован: 23.01.2016
- Откуда: Америка
- Благодарил (а): 2026 раз
- Поблагодарили: 2336 раз
ДНК тесты и генеалогия
Ответ, наконец, утвердительный - импутация данных для (ранее несовместимых) чипов 23andMe v5 & Living DNA теперь доступна на MyHeritage.MOCKBA писал(а): https://blog.myheritage.com/2018/01/maj ... -matching/#
11 января Майхеритидж объявили о существенных переменах алгоритмов поиска совпадений. Среди прочего, они утверждают, что стали использовать импутацию СНИПов для того, чтобы сделать выводы о таких СНИПах, которые отсутствуют в данных анализ, основываясь на данных по соседним регионам. Утверждение из, что получается неплохо. Но означает ли это, что теперь они смогут принимать для загрузки данные от новых анализов с 23andMe, преодолевая несовместимость чипов? Это пока не проверено. У кого-то есть результаты от 23andMe после августа 2017 на попробовать?
https://blog.myheritage.com/2018/09/new ... e=20181008
(статистический метод импутации, или подстановки отсутствующих данных по отдельным СНИПам, позволяет с определенной уверенностью восстановить пропущенные данные на основе информации о соседних СНИПах; точность метода - не 100%-ная, но, очевидно, компания смогла учесть шанс неточной импутации в алгоритмах)
Другая новость от Майхеритидж - то, что они начнут брать дополнительную оплату за некоторые типы компьютерного анализа результатов, загруженных с сайтов других компаний, начиная с декабря 2018 г. Сама загрузка чужих данных остается бесплатной, но некоторые результаты обработки этих данных не будут открыты пользователям без оплаты.
- MCB
- Сообщения: 5970
- Зарегистрирован: 23.01.2016
- Откуда: Америка
- Благодарил (а): 2026 раз
- Поблагодарили: 2336 раз
ДНК тесты и генеалогия
Мария Васитинская, брошеная на дороге по пути в концлагерь 8-месячной девочкой, и подобранная бездетной украинской парой. Возможно, дело этой еврейской девочки без документов может стать новым прецедентом в использовании ДНК для официального подтверждения еврейства.
Хотя, кроме имени Мария и даты рождения, в записке, оставленной с девочкой, ничего не было известно, но никто не сомневался, что она еврейка. После безвременной смерти приемной матери, ее взяли в еврейскую семью. Уже в возрасте за 70 Мария навестила их в Израиле, и те решили попробовать найти ее корни по ДНК. Нашлись двоюрдные и по отцу, и по матери, и скоро у нее на руках было фото родителей и старших брата и сестры , погибших в концлагерях. А весной этого года Мария посетила и свою двоюрдную в Израиле, но, конечно, об Алии не могло быть и речи.
http://9tv.co.il/news/2018/05/03/257097.html
Недавно мне в ленту пришло продолжение. Она сделала официально анализ мтДНК и на удачу ее гаплогруппа оказалась чисто ашкеназской и Раввинат России подтвердил ее еврейство. Не знаю, будет ли она теперь переезжать в Израиль, но по крайней мере Германия уже выдала ей компенсацию.
https://www.cjnews.com/news/canada/dna- ... and-family
Хотя, кроме имени Мария и даты рождения, в записке, оставленной с девочкой, ничего не было известно, но никто не сомневался, что она еврейка. После безвременной смерти приемной матери, ее взяли в еврейскую семью. Уже в возрасте за 70 Мария навестила их в Израиле, и те решили попробовать найти ее корни по ДНК. Нашлись двоюрдные и по отцу, и по матери, и скоро у нее на руках было фото родителей и старших брата и сестры , погибших в концлагерях. А весной этого года Мария посетила и свою двоюрдную в Израиле, но, конечно, об Алии не могло быть и речи.
http://9tv.co.il/news/2018/05/03/257097.html
Недавно мне в ленту пришло продолжение. Она сделала официально анализ мтДНК и на удачу ее гаплогруппа оказалась чисто ашкеназской и Раввинат России подтвердил ее еврейство. Не знаю, будет ли она теперь переезжать в Израиль, но по крайней мере Германия уже выдала ей компенсацию.
https://www.cjnews.com/news/canada/dna- ... and-family
Еврейская генеалогия в древности
Посчитал, что статья относится к этой теме. Если нет, пожалуйста, перенесите.
Илья Колмановский. Генетика решила все загадки истории евреев
https://isralove.org/load/3-1-0-66?utm_ ... dium=lenta
Илья Колмановский. Генетика решила все загадки истории евреев
https://isralove.org/load/3-1-0-66?utm_ ... dium=lenta
Басин, Гольдберг, Горлачёв, Горлачик, Липович, Школьник(ов) - Могилевская губ.
Гурвиц, Кватерман – Винница, Подольская губ.
Копыт - Заславский, Староконстантиновский уезды, Волынская губ.
Шрайбман - Староконстантиновский уезд, Волынская губ.
Гендрева – https://ru.rodovid.org/wk/%D0%9C%D0%BD% ... 0%B2%D0%BE
http://www.jewage.org/wiki/ru/
Гурвиц, Кватерман – Винница, Подольская губ.
Копыт - Заславский, Староконстантиновский уезды, Волынская губ.
Шрайбман - Староконстантиновский уезд, Волынская губ.
Гендрева – https://ru.rodovid.org/wk/%D0%9C%D0%BD% ... 0%B2%D0%BE
http://www.jewage.org/wiki/ru/
- anno_nin
- Сообщения: 7890
- Зарегистрирован: 01.07.2010
- Откуда: Ашдод, Израиль
- Благодарил (а): 1788 раз
- Поблагодарили: 2017 раз
Еврейская генеалогия в древности
Особенно радует
Очень порадовало утверждение, что сефарды и ашкеназы стараются не вступать в смешанные браки.
Или, например, что сефарды возникли в 14 веке после испанского изгнания.
Ну и т.д.
Где то я это уже читала. Давно. То ли выводы "генетиков" не очень обоснованные, то ли автор статьи чего то не понял.
Очень порадовало утверждение, что сефарды и ашкеназы стараются не вступать в смешанные браки.
Или, например, что сефарды возникли в 14 веке после испанского изгнания.
Ну и т.д.
Блезовский (Мозырь, Давид-Городок, Лунинец)
Дон-Яхья, Дониях, Донхин, Донхио...(Литва, Латвия, Белоруссия, Киев)
Рабинович (Дисна, Полоцк)
Циюни (Лудза)
Голод
(Мозырь, Давид-Городок, Пинск)Дон-Яхья, Дониях, Донхин, Донхио...(Литва, Латвия, Белоруссия, Киев)
Рабинович (Дисна, Полоцк)
Циюни (Лудза)
-
- Сообщения: 846
- Зарегистрирован: 05.01.2012
- Откуда: Москва - Нью-Йорк
- Благодарил (а): 1104 раза
- Поблагодарили: 439 раз
Еврейская генеалогия в древности
[
Нельзя не критически относиться к статьям Колмановского, поскольку он не ученый, а журналист определенного идеологического направления.
Последний раз редактировалось Shifra 14 окт 2018, 00:15, всего редактировалось 1 раз.
Красноштейн (Брацлав, Одесса), Вайсман (Москва, Брацлав, Михайловка, Верховка Винницкой области), Радбиль/Радбель (Винница, Одесса, Ленинград),Таран (Черкассы, Кременчуг, Харьков), Белостоцкий (Чигирин, Кременчуг, Харьков), Шварцштейн (Терновка, Гайсин), Беренштейн (Брацлав), Кузьминский (Брацлав).
-
- Сообщения: 569
- Зарегистрирован: 09.12.2013
- Откуда: Портланд.Орегон.США.
- Благодарил (а): 108 раз
- Поблагодарили: 331 раз
Еврейская генеалогия в древности
Очень интересная статья о проидхождении Ашкенази.
Статья опубликована 5 лет тому назад.
Статья на английском,но там очень много интересного
материала.
https://www.nature.com/articles/ncomms3543
Статья опубликована 5 лет тому назад.
Статья на английском,но там очень много интересного
материала.
https://www.nature.com/articles/ncomms3543
Интересы: Подольская Губерния.Местечко Теплик и Бершадь.
Интересуюсь фамилиями : Бруман,Дубирный,Гендлер,Гройсман,Фишкис,Чернобыльский,Шамес (Бершадь).
Интересуюсь фамилиями : Бруман,Дубирный,Гендлер,Гройсман,Фишкис,Чернобыльский,Шамес (Бершадь).