ДНК тесты и генеалогия

Сообщение

avramenko · #821 **avramenko** » 30 сен 2009, 00:14

MOCKBA: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), ( + 2020), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018) (+2019) (+2020 )
Насколько схожи другие еврейские народы с ашкеназами и друг с другом (2020)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

#822 **Nison** » 27 фев 2019, 18:43

MOCKBA писал(а): ↑
27 фев 2019, 18:02
В ленте всплыла история использования "анализа ДНК на родство" для подтверждения галахического еврейства для раввината в Израиле
https://www.vesty.co.il/articles/0,7340 ... 29,00.html
собственно в заметке гораздо больше багажа, чем возможность использования аутосомного теста для таких целей. Там и пафос предвыборной компании, и обида оскорбленной израильтянки на то, что у нее тягают тысячи шекелей на анализы... но если эмоции и политику оставить на минуточку за бортом как оффтопные для нашей темы, то суть дела такова:

У человека нет свидетельства о рождении матери, но жива тетя - сестра матери, и у тети с документами полный порядок. Раввинат в Израиле предлагает протестировать заявительницу и ее тетю на родство по ДНК. С моей точки зрения, это первая ласточка использования именно обычных аутосомных анализов ДНК для подтверждения еврейства в одной из официальных инстанций (не забудьте, что это пока раввинат в Израиле, а не Сохнут в б. СССР, но все-таки первая ласточка). Уважаемый Нисон, правда, говорит, что были отдельные случаи и раньше, и сравнивали родственников до двоюрдных.

Могли в разговоре тетю назвать двоюродной, так что за степень родства не поручусь

napobo3 · #823 **napobo3** » 27 фев 2019, 20:06

Я выяснил информацию у достоверного источника, который в курсе этой темы. Речь не идет об аутосомном тесте а о мито. Раввинатский суд может послать на мито тест в израильской лаборатории.

#824 **Nison** » 27 фев 2019, 20:09

Раввин Баренбаум из Москвы получил сейчас приз Минздрава Израиля за книгу о проверке еврейства по мтДНК

#825 **MCB** » 27 фев 2019, 20:14

napobo3 писал(а): ↑
27 фев 2019, 20:06
Я выяснил информацию у достоверного источника, который в курсе этой темы.

а какие-нибудь источники в доступе есть? По мтДНК единой сравнивать с тетей, этак можно "подтвердить" родство и когда нет никакого.

#826 **Simona** » 27 фев 2019, 21:05

Есть такая статья, на иврите
https://m.ynet.co.il/Articles/5469440

#827 **MCB** » 27 фев 2019, 21:15

Simona писал(а): ↑
27 фев 2019, 21:05
Есть такая статья, на иврите
https://m.ynet.co.il/Articles/5469440

Ну и зачем вы ее здесь приводите? Я же просил не обсуждать здесь политику и обиды, а про техническую сторону решения проблемы родства с собственной тетей тут ни слова.

#828 **Simona** » 27 фев 2019, 21:35

MOCKBA писал(а): ↑
27 фев 2019, 21:15

Simona писал(а): ↑
27 фев 2019, 21:05
Есть такая статья, на иврите
https://m.ynet.co.il/Articles/5469440
Ну и зачем вы ее здесь приводите? Я же просил не обсуждать здесь политику и обиды, а про техническую сторону решения проблемы родства с собственной тетей тут ни слова.

В Израиле не бывает статей без желтизны. Чисто техническая сторона не будет напечатана в обычной прессе, а если будет, то непременно очень желто и непрофессионально. Просто надо уметь читать, абстрагируясь. Мы привычные

Суть статьи в том, что нет никакой методики с этими анализами. Просто отсылают на проверку и что заключит та частная лаборатория, то и будет.
Добавлю, что эти лаборатории не самые-самые, лучшие генетики не работают в Израиле. Ну вы наверняка в курсе. Это особенно чувствуется по заключениям которые дают в известном деле по убийству девочки, там исследуют мт и никак не могут определиться со статистикой и вероятностями совпаденцев по мт.
Так что статья только подтвердила, что тема не продвинулась технически.

napobo3 · #829 **napobo3** » 27 фев 2019, 22:03

MOCKBA писал(а): ↑
27 фев 2019, 20:14

napobo3 писал(а): ↑
27 фев 2019, 20:06
Я выяснил информацию у достоверного источника, который в курсе этой темы.
а какие-нибудь источники в доступе есть? По мтДНК единой сравнивать с тетей, этак можно "подтвердить" родство и когда нет никакого.

Конечно есть. Выпущена книга об использовании ДНК тестов для доказательства еврейства. http://www.virtualgeula.com/Stock/Books/Show/11921
Что самое важное в этой книге? Не методики (изложенные внятно и разумно), они были известны и до нее. А то, что она была написана двумя раввинами и была одобрена двумя главными раввинами Израиля. То есть - может использоваться раввинатскими судами для разрешения спорных вопросов.

А по поводу "сравнения с тетей" - то результаты сравниваются с обширной базой данных ашкеназских мито гаплотипов.

#830 **Nison** » 27 фев 2019, 22:17

napobo3 писал(а): ↑
27 фев 2019, 22:03

MOCKBA писал(а): ↑
27 фев 2019, 20:14
а какие-нибудь источники в доступе есть? По мтДНК единой сравнивать с тетей, этак можно "подтвердить" родство и когда нет никакого.
Конечно есть. Выпущена книга об использовании ДНК тестов для доказательства еврейства. Что самое важное в этой книге? Не методики (изложенные внятно и разумно), они были известны и до нее. А то, что она была написана двумя раввинами и была одобрена двумя главными раввинами Израиля. То есть - может использоваться раввинатскими судами для разрешения спорных вопросов.

А по поводу "сравнения с тетей" - то результаты сравниваются с обширной базой данных ашкеназских мито гаплотипов.

пока раввинские суды в Израиле не начали использовать мтднк для доказательства еврейства

nick_dovg · #831 **nick_dovg** » 27 фев 2019, 23:12

Nison писал(а): ↑
27 фев 2019, 22:17

napobo3 писал(а): ↑
27 фев 2019, 22:03
Конечно есть. Выпущена книга об использовании ДНК тестов для доказательства еврейства. Что самое важное в этой книге? Не методики (изложенные внятно и разумно), они были известны и до нее. А то, что она была написана двумя раввинами и была одобрена двумя главными раввинами Израиля. То есть - может использоваться раввинатскими судами для разрешения спорных вопросов.

А по поводу "сравнения с тетей" - то результаты сравниваются с обширной базой данных ашкеназских мито гаплотипов.
пока раввинские суды в Израиле не начали использовать мтднк для доказательства еврейства

на днях вышла статья, что таки стали требовать
для тех кто на иврите читает:
https://www.ynet.co.il/articles/0,7340, ... 40,00.html

#832 **Nison** » 27 фев 2019, 23:13

nick_dovg писал(а): ↑
27 фев 2019, 23:12

Nison писал(а): ↑
27 фев 2019, 22:17
пока раввинские суды в Израиле не начали использовать мтднк для доказательства еврейства
на днях вышла статья, что таки стали требовать

Предвыборная пропаганда, смотрите тут выше

#833 **Simona** » 27 фев 2019, 23:31

вот я нашла такое, без всякой пропаганды:
http://din.org.il/2018/11/15/%D7%94%D7% ... %A0%D7%90/

цитирую:
את הבדיקות אני עושה ושולח למעבדה הם מרצפים את זה בהתאם למה שאני מבקש ואין להם מושג מדוע, אם זה לצורך מחלה כזו או אחרת. וגם אין להם מושג איזה ריצופים שייכים ליהודים ואיזה לגויים. אין להם מאגרי מידע מתאימים. והם לא עוסקים בזה. את התוצאות אני משווה בהתאם למאגרים שיש לנו. ואגב, בדיוק כך גם חורצים גורלות של ניתוחים וטיפולים גורליים בענייני נפשות.

Что в вольном переводе для непонимающих иврит: рав посылает в лабораторию, получает ответ и сравнивает САМ с имеющейся у него базой данных, ибо знает что еврейское, а что нет.

#834 **MCB** » 28 фев 2019, 00:19

Simona писал(а): ↑
27 фев 2019, 23:31
сравнивает САМ с имеющейся у него базой данных

Ну то есть, вы считаете, свистят они про сравнение "между двумя родственниками", а весь разговор - про сравнение результата анализа со списком? Странно мне это - чего ради тогда в продробностях рассказывать, как к престарелой тетушке явится работник на дом, чтобы забрать у нее образец ДНК для сравнения и определения родства? При всей способности "желтоватой прессы" к домыслам, такие подробности уж как-то непросто выдумать без причины. Ну ладно, поживем, увидим.

#835 **Nison** » 28 фев 2019, 00:20

MOCKBA писал(а): ↑
28 фев 2019, 00:19

Simona писал(а): ↑
27 фев 2019, 23:31
сравнивает САМ с имеющейся у него базой данных
Ну то есть, вы считаете, свистят они про сравнение "между двумя родственниками", а весь разговор - про сравнение результата анализа со списком? Странно мне это - чего ради тогда в продробностях рассказывать, как к престарелой тетушке явится работник на дом, чтобы забрать у нее образец ДНК для сравнения и определения родства? При всей способности "желтоватой прессы" к домыслам, такие подробности уж как-то непросто выдумать без причины. Ну ладно, поживем, увидим.

Нет

#836 **MCB** » 28 фев 2019, 00:38

Майхеритидж на конференции "Рутстек" заявил сегодня, что ввел в строй обещанную в прошлом году систему автоматического анализа генеалогических и исторических сведений для интерпретации совпадений в ДНК. Типа, на каждое совпадение в ДНК система выдаст гипотезы, как ваши деревья могли пересекаться и кто были общие предки. За скудостью информации по нашей родине, я сомневаюсь, что новая автоматическая система поиска гипотез о корнях нам чем-то поможет, но идея, конечно, хорошая. Доступна будет только платящим участникам.
Подробности будут на вебинаре.
https://familytreewebinars.com/webinar_ ... ar_id=1051
Для всех остальных из нас, практические последствия тоже будут, но другого рода: загрузка данных других лабораторий на майхеритидж подорожает до $29 (но в эту цену войдут и их новые "автоматически сгенерированные гипотезы")

vitalyka · #837 **vitalyka** » 28 фев 2019, 20:37

Могу даже "похвастаться" обнаруженным в недрах моего дерева "Теоретическим родством".
Итак, нашёл я как-то раз чудесных (хотя и безумно дальних) родственников. Они на радостях скопировали из моего дерева всё, что нас объединяло.
Выпили, закусили, родственники вняли моим уговорам и протестировали старейшего мужчину в FTDNA.
Таки да, что-то там у нас с ним совпало, хотя и не особо много. У меня есть тыщи куда более близких совпаденцев, которые при этом вовсе не проявились как родственники.
Потом на горизонте появилась ещё одна дама, которая скопировала уже всё моё дерево, даже вовсе не будучи моей родственницей. Хотя у неё есть, видимо, другая теория на этот счёт.
И вот нынче МойХеритаж:
- обнаружил определённое сходство этих трёх деревьев, ключевые пересечения которых, напомню, являются тремя копиями одного по сути исследования;
- сопоставил с 3-мя общими сегментами ДНК, которые мы туда, не сговариваясь, загрузили;
- обрадовал меня обнаруженным "теоретическим родственником".

Судите сами, я отчитался.

#838 **Elena G.** » 01 мар 2019, 02:28

На MyHeritage появилась вот эта новая программа, о которой писал MOCKBA, называается AutoClusters. Я заказала для двух человек, посмотрим, какой будет результат, они его дают не сразу.

#839 **MCB** » 01 мар 2019, 03:18

Elena G. писал(а): ↑
01 мар 2019, 02:28
AutoClusters

Нет, это еще одно новшество - творение голландского генетика Блума, который считает, что можно алгоритмически разбить набор совпаденцев на (в идеале 8) подгрупп совпаденцев по каждому прадеду или прабабушке. MyHeritage утверждает, что им удалось усовершенствовать алгоритм Блума, чтобы приспособить его к эндогамным народам типа ашкеназов.
Эта новая фича доступна бесплатным пользователям сайта. Описание по-английски здесь:
https://blog.myheritage.com/2019/02/int ... a-matches/
Описание "Теорий Родства" (гипотез, основываюшихся на известных генеалогических деревьях и дополнительной информации из баз) в подробностях тоже уже появилось на их блоге:
https://blog.myheritage.com/2019/02/int ... e-changer/
как уже справедливо замечено, новонайденные теории могут грешить самоочевидностью ("подсказывать" вам совпаденца, чье древо вам и так известно), особенно если вы уже тщательно анализируете совпадения по ДНК и по древу, и особенно если данные переписей, метрических записей и т.п. об общих предках в базе недоступны.

PS: Пользователи без подписки премиум-класса все равно смогут увидеть, что у MyHeritage "существует теория насчет того, каким образом вы в родстве с таким-то совпаденцем" ... но если они попробуют пройти по ссылке, чтобы увидеть подробности, то окажется, что без оплаты подробности гипотез о родстве могут быть скрыты.

PPS: Анцестри тоже с согодняшнего предлагает свои теории о том, какое конкретно родство стоит за тем или иным совпадением (их фича называется ThruLines™)

#840 **Elena G.** » 01 мар 2019, 08:21

MOCKBA писал(а): ↑
01 мар 2019, 03:18
PPS: Анцестри тоже с согодняшнего предлагает свои теории о том, какое конкретно родство стоит за тем или иным совпадением (их фича называется ThruLines™)

На Ancestry в ThruLines у нас среди 240 прямых предков у моего сына появилась вполне правильная запись о потенциальном общем предке. Тут надо, конечно, сказать, что, как и у vitalyka, сопаденнцы скопировали раньше мое древо и поставили себе. Но положительная сторона в том, что протестированный совпаденец из их семьи на сайте был только под инициалами, и я не знала, что они протестировали кого-то из семьи и генетическое совпадение такое небольшое, что я сама не обратила бы на него внимание. А недостаток в том, что на Ancestry нельзя посмотреть на каких именно участках хромосом совпадение. Но нет в мире совершенства.

С MyHeritage пока результатов анализа по новой программе нет. Пишут, что знимает несколько часов.

#841 **MCB** » 01 мар 2019, 18:45

Elena G. писал(а): ↑
01 мар 2019, 08:21
С MyHeritage пока результатов анализа по новой программе нет. Пишут, что знимает несколько часов.

Ну, если для среднего пользователя несколько часов, и если кластеризация совпаденцев включает в себя попарные сравнения между ними, то можно ожидать, что время обработки будет по меньшей мере пропорционально квардрату числа совпаденцев. Коли так, то до следующей недели ответа ждать точно не приходится ))