ДНК тесты и генеалогия

[avramenko]

MOCKBA: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017) (+2024)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), ( + 2020), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018) (+2019) (+2020 )
Насколько схожи другие еврейские народы с ашкеназами и друг с другом (2020)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

[Molka]

MCB, не могли бы Вы дать консультацию по поводу анализа ДНК?
Со мною связался человек, условно Игорь из Бразилии, у которого есть совпадение ДНК с моим дядей - совпадение обнаружено на сайте Gedmactch. Но на сайте MyHeritage, где у нас обоих есть деревья и по его словам также закачан его ДНК анализ совпадение с моим дядей не показывает. Общий см 41. Мне известно, что действительно один из близких родственников моей прабабушки иммигрировал в конце 19 - начале 20 го века в Латинскую Америку, т е это реально может быть родственник. У него 6% еврейских генов.
Как Вы полагаете, почему MyHeritage не опознает этого совпаденца?
Это погрешности?

[MCB]

почему

А там стандартный анализ на GEDmatch или минимальный размер совпадения выставлен вручную? Нельзя ли показать графическое изображение совпадения на GEDmatch?

[Molka]

почему

А там стандартный анализ на GEDmatch или минимальный размер совпадения выставлен вручную? Нельзя ли показать графическое изображение совпадения на GEDmatch?

у меня не получается прикрепить полученный от него по Эл почте файл в PDF. Сайт Еврейские корни только через VPN доступен, но на ноутбук VPN не закачивается, а с телефона я не могу прикрепить сюда файл. Можно Вам отправить на Вашу Эл почту? Я написала Вам мой Эл адрес в личном сообщении.

[хая шулькина]

MCB, не могли бы Вы дать консультацию по поводу анализа ДНК?
Со мною связался человек, условно Игорь из Бразилии, у которого есть совпадение ДНК с моим дядей - совпадение обнаружено на сайте Gedmactch. Но на сайте MyHeritage, где у нас обоих есть деревья и по его словам также закачан его ДНК анализ совпадение с моим дядей не показывает. Общий см 41. Мне известно, что действительно один из близких родственников моей прабабушки иммигрировал в конце 19 - начале 20 го века в Латинскую Америку, т е это реально может быть родственник. У него 6% еврейских генов.
Как Вы полагаете, почему MyHeritage не опознает этого совпаденца?
Это погрешности?

[/quote}
Проблема в малом количестве еврейских генов-6%.
Проверьте на Гедматч вас,его и вашего дядю на One-to-one, 4-я строчка на Free tools.
Обратите внимание ,на каких хромосомах у вас есть совпадения-ищем триангуляцию(совпадение на той же хромосоме на том же сегменте) и в конце вам пишут сколько поколений назад вас обьединяет общий предок...
Попросите этого человека сделать тесты его родственникам,желательно с бОльшим процентом еврейских генов.
Посмотрите его дерево-вам нужны года рождений,чтобы правильно расставить поколения,
места рождений,чтобы сравнить с известными вам,
фамилии.....
Ваши родители-1-е поколение,деды-второе,прадеды-третье и т.д.
Удачи!

[MCB]

Две общеинтересные, но не обязательно достоверные новости из мира еврейской генеалогии - обе касаются древней ДНК.

Одна - про Христофора Колумба, открывшего Америку как раз тогда, когда иудаизм в Испании решительно запретили под угрозой смерти. Телепередача испанского телевидения раскрыла это дело в рамках исторического детектива с множеством гипотез, и пришла к выводу, что по ДНК Колумб оказался евреем-сефардом. По мтДНК и игрек. Якобы ДНК самого Колумба - ужасного качества (у него и от скелета осталась-то горстка обломков!), но вместе с ДНК его брата и сына что-то напрашивается. Подробностей нет, но к зиме обещают статью. Надо сразу сказать, что ДНК останков Колумба приличные лаборатории пытались проанализировать и раньше, но не смогли; что и по мтДНК, и по игрек между сефардами и испанцами-христианами есть общие элементы; а сам Колумб черным по белому писал, что он генуэзец. Поэтому пока гложут сомнения.

Вторая - это про одну из жертв львов-людоедов Цаво из Кении, которые в 1898 году сожрали десятки пенджабцев - вольнонаемных работников строительства Кенийской ж/д (и, возможно, еще сколько-то местных африканцев)?
https://www.cell.com/current-biology/fu ... 24)01240-5
Из дупла в зубе льва извлекли волосы жертв и один из волосков выдал человеческую мт и полногеномную ДНК (~100Х мтДНК). Только ... мтДНК оказалась не африканская и не индийская, а ашкеназская из Центр. / Вост. Европы K2a2a1 (этой ветви древа мтДНК - порядка 1.5 тысячи лет). Установлено по 36 вариантам.
Авторы решительно не хотят делать из этого никаких выводов, ограничиваясь рядом странных оговорок, почему им не хочется анализировать эту ДНК подробнее:
во-первых, "это только материнская линия и ХЗ, какие еще там есть линии" (а геномная ДНК на что тогда?)
во-вторых, "разнообразие мтДНК в Восточной Африке недостаточно изучено, а особенно слабо изучен генетический материал, привнесенный туда недавно, в эпоху колониализма" (а, то есть между строчек читаем, что и они считают эту мтДНК не местной по происхождению ... но только для детей еврейских матерей, смерть в 1898 году в Кении никак не вписывается ни в реальную историю колонизации региона, ни тем более в документацию по жертвам львов Цаво).
В-третьих, потомки погибших могут еще жить в этом регионе и продолжать страдать от колониализма, и копаться в их ДНК нельзя, пока не прошли тщательные консультации с местными жителями, что они одобряют и что - нет (хмм, а кто одобрил тогда публикацию 36 мутаций??).
Уж не от работников ли самой лаборатории попала еврейская ДНК в образец? Авторы клянутся, что проверили и что эта ДНК оказалась древняя, с характерными "шрамами времени", но те данные, которые они по этому поводу показывают, столь же неубедительны, сколь и объяснение причин, по которым они отказались от дальнейшего анализа и обсуждения странной находки.

[Лея]

Две общеинтересные, но не обязательно достоверные новости из мира еврейской генеалогии - обе касаются древней ДНК.

Одна - про Христофора Колумба, открывшего Америку как раз тогда, когда иудаизм в Испании решительно запретили под угрозой смерти. Телепередача испанского телевидения раскрыла это дело в рамках исторического детектива с множеством гипотез, и пришла к выводу, что по ДНК Колумб оказался евреем-сефардом. По мтДНК и игрек. Якобы ДНК самого Колумба - ужасного качества (у него и от скелета осталась-то горстка обломков!), но вместе с ДНК его брата и сына что-то напрашивается. Подробностей нет, но к зиме обещают статью. Надо сразу сказать, что ДНК останков Колумба приличные лаборатории пытались проанализировать и раньше, но не смогли; что и по мтДНК, и по игрек между сефардами и испанцами-христианами есть общие элементы; а сам Колумб черным по белому писал, что он генуэзец. Поэтому пока гложут сомнения.

Вторая - это про одну из жертв львов-людоедов Цаво из Кении, которые в 1898 году сожрали десятки пенджабцев - вольнонаемных работников строительства Кенийской ж/д (и, возможно, еще сколько-то местных африканцев)?
https://www.cell.com/current-biology/fu ... 24)01240-5
Из дупла в зубе льва извлекли волосы жертв и один из волосков выдал человеческую мт и полногеномную ДНК (~100Х мтДНК). Только ... мтДНК оказалась не африканская и не индийская, а ашкеназская из Центр. / Вост. Европы K2a2a1 (этой ветви древа мтДНК - порядка 1.5 тысячи лет). Установлено по 36 вариантам.
Авторы решительно не хотят делать из этого никаких выводов, ограничиваясь рядом странных оговорок, почему им не хочется анализировать эту ДНК подробнее:
во-первых, "это только материнская линия и ХЗ, какие еще там есть линии" (а геномная ДНК на что тогда?)
во-вторых, "разнообразие мтДНК в Восточной Африке недостаточно изучено, а особенно слабо изучен генетический материал, привнесенный туда недавно, в эпоху колониализма" (а, то есть между строчек читаем, что и они считают эту мтДНК не местной по происхождению ... но только для детей еврейских матерей, смерть в 1898 году в Кении никак не вписывается ни в реальную историю колонизации региона, ни тем более в документацию по жертвам львов Цаво).
В-третьих, потомки погибших могут еще жить в этом регионе и продолжать страдать от колониализма, и копаться в их ДНК нельзя, пока не прошли тщательные консультации с местными жителями, что они одобряют и что - нет (хмм, а кто одобрил тогда публикацию 36 мутаций??).
Уж не от работников ли самой лаборатории попала еврейская ДНК в образец? Авторы клянутся, что проверили и что эта ДНК оказалась древняя, с характерными "шрамами времени", но те данные, которые они по этому поводу показывают, столь же неубедительны, сколь и объяснение причин, по которым они отказались от дальнейшего анализа и обсуждения странной находки.

Интересно. А кто-то из инженеров на строительстве не мог разве быть ашкеназом из Англии, допустим, и стать жертвой нападения льва?

[MCB]

из Англии

Нет, белые не жили в этих палаточных лагерях и не были среди жертв. Одному из английских инженеров лев, загрызший индийца, оцарапал таки ногу, и это послужило поводом направить наконец подразделение сипаев для вооружённой охраны, а вскоре львы были убиты. Жертвы среди индийцев подробно задокументированы; неясно только, не ели ли львы также и местных африканцев, которых никто толком не считал

[MCB]

Не прошло и нескольких дней, как сегодня вышла статья по древней ДНК семейства Колумба. Но не та статья, которую ждали, а совершенно другое и достаточно бессмысленное исследование. Авторы извлекли ДНК из берцовой кости праправнука Колумба, захороненного в семейной усыпвльнице под церковью в Севилье. Качество ДНК отличное, но анализ, который они провели - это стандартный набор судебно-криминалистических маркеров. По нему ничего о прапрадеде этого человека невозможно сказать

[kogank]

MCB, ДНК правнука использовали для подтверждения родства, потому как по поводу останков самого Колумба были вопросы.

[MCB]

родства

нет, в опубликованном препринте никаких сравнений для определения родства не было
https://www.biorxiv.org/content/10.1101 ... 2.618003v1
А в телепередаче указывалось, что в неопубликованном анализе действительно использовали ДНК родственников для сравнения, но сказали, что это были брат и сын

[kogank]

MCB, да в этом документе об этом не говорится, но в самом конце написано что это только первый шаг чтобы прояснить сомнения о происхождении Колумба.
В некоторых статьях на прошлой недели писали что ДНК правнука брали на анализ для подтверждения связи с останками самого Колумба.
Вообще тема интересная, есть много косвенных свидетельств об еврейском происхождении Колумба. Например что Колумб письма родным, в отличии от официальных, метил в верхнеи углу буквами ב"ה как и сегодня делают верующие.
Интересно было бы найти фото этих писем...

[Nicolay]

Финансовые трудности компании 23andMe, предоставляющей услуги генетического тестирования и установления происхождения, вызывают вопросы о безопасности ДНК и других данных клиентов.
23andMe считается компанией, занимающейся генетическим тестированием напрямую к потребителю, и транзакции с компанией считаются коммерческими, а не медицинскими.
Поскольку 23andMe не является медицинской компанией, личная информация клиентов не защищена в соответствии с Правилом конфиденциальности HIPAA, которое обеспечивает защиту конфиденциальности медицинских записей.
https://www.yahoo.com/news/23andme-busi ... 18290.html

[ЛияК]

Для сравнения ДНК в Гедматч планирую проект
Vitebsk Gubernia Ashkenazi Jews,
ограниченный Витебской губернией (это южная Псковская обл Себеж/Невель, часть Беларуси, часть восточной Латвии и Литвы).

У кого предки с еврейскими корнями из вышеперечисленной губернии и хотят сравниться между собой в Гедматч, присылайте мне лс с номером и ником Гедматч.

Пожалуйста, только те, кто точно знает, что из Витебской губернии

В проекте можно будет сделать выборку по конкретной хромосоме, уменьшить/увеличить мин порог см, загрузить дерево, написать емайл совпаденцам.

Подобные проекты уже есть для крымчаков и Волыни.

[ЛияК]

Добрый день,

проект днк Gedmatch по Витебской губернии одобрен и запущен!

1. Новые: подсоединяются кнопкой JOIN (подтверждение 2-3дня)

https://app.gedmatch.com/AP/ap_group_list1.php

Vitebsk Gubernia Ashkenazi Jews

Screenshot_20250204-071739~2.png

2: Кто уже подал:

а. идут на сайт Gedmatch / Free tools /Ancestor Projects
(см выше)

б. подтверждают согласие

Screenshot_20250204-071626~2.png

в. кнопка назад / back и пишут нр своего кита и сравнивают

Screenshot_20250204-071824~2.png

Дальше самостоятельный анализ! можно "играться" с выборкой по конкретной хромосоме, добавлять Х хромосому, уменьшать/увеличивать мин.порог общего сегмента, делать сортировку по разным параметрам.

Е-майлы участников видны в таблице, у кого загружено дерево на Гедматч - отмечено зеленым (не оч удобно).

Удачи!

[oztech]

Дмитрий MCB, поясните, пожалуйста. Сегодня, в 9:53 и 9:54 появились два одинаковых поста: первый - в Невельской теме, второй - здесь. При этом к первому посту прикреплено обращение такого содержания:

Причина направления жалобы: move
Жалоба отправлена ЛияК « Сегодня, 11:39

Пожалуйста, продублируйте сообщение в отдельную тему /Россия или Невельский чат/

с заголовком:

Gedmatch ДНК проект ашкенази Витебской губернии

Судя по хронологии, предлагается создать еще и третий дубль? Хотя и второй уже лишний, поскольку мы давно убедились, что гораздо удобней не распыляться, а концентрироваться. Если нужна тема-объявление, в которой дискуссии и не предполагаются, то тем более достаточно одной такой темы с ведущими к ней ссылками. И эта тема должна быть в Вашем разделе, Дмитрий? Тогда при чем тут "Россия или Невельский чат"? В общем, давайте как-то распутаем клубок, пока не так сложно.

[ЛияК]

Привет, хоть я не Дмитрий, но отправляйте тему, куда кажется полезней админам.

В Невельском чате она потому, что люди сдавали данные на проект, чтобы дать им знать, что все готово и можно сравнивать.

В днк разделе тем, кто сдавал, но не дошел конкретно до чата Невеля, хотя сдал днк.

[oztech]

отправляйте тему, куда кажется полезней админам.

ЛияК, как мне кажется, Ваш пост должен остаться в этой теме, а в Невельской - ссылка на него. Если появится необходимость выделить под Ваш проект отдельную тему, то несколько кликов уже будут за Дмитрием MCB.

[Pimenov]

можно "играться" с выборкой по конкретной хромосоме, добавлять Х хромосому, уменьшать/увеличивать мин.порог общего сегмента, делать сортировку по разным параметрам.

Играться так с разными китами можно и без проекта.
А в чем цимес?

Основная проблема gedmatch в отсутствии деревьев, потому я и предложил заполнять табличку.
Особенно это ценно, когда протестирвоано много пятиюродных, как это было в личном проекте MCB.
И вот сторонним пользователям ссылка на профили в гени очень бы помогла, хотя они и так, в принципе, в большинстве своем вычисляются.

[ЛияК]

можно "играться" с выборкой по конкретной хромосоме, добавлять Х хромосому, уменьшать/увеличивать мин.порог общего сегмента, делать сортировку по разным параметрам.

А в чем цимес?

Особенно это ценно, когда протестирвоано много пятиюродных, как это было в личном проекте MCB.

без проекта, в куче дальней родни ничего непонятно, кроме очевидного.

тут же прорисовываются линии (особенно, когда выборка по емайлу и понимаешь, что они связаны), добавляя цифры поколения до общего предка видны +- временные рамки, и если бы была толковая комп программа (ибо моих, хоть и хороших, мозгов не хватает), кажется, вот-вот и увидим, куда же эти цепочки ведут, - хотя бы у тех, у кого деревья, и найдем потерянных невест/сестер.

табличка вещь хорошая, согласна.

а что за проект у МЦБ с 5дными, где почитать/посмотреть?

[napobo3]

"Подобные проекты уже есть для крымчаков и Волыни."

И по караимам.