ДНК тесты и генеалогия

Сообщение

avramenko · #1841 **avramenko** » 30 сен 2009, 00:14

MOCKBA: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017) (+2024)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), ( + 2020), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018) (+2019) (+2020 )
Насколько схожи другие еврейские народы с ашкеназами и друг с другом (2020)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

#1842 **MCB** » 08 фев 2025, 00:46

Как-то нелогично, если в совместный проект по сравнению генетических даных приглашают сразу в многих разделах, но я тоже не уверен, где лучше.

mashax · #1843 **mashax** » 09 фев 2025, 04:39

MCB писал(а): ↑
13 янв 2020, 22:30
Я уже довольно подробно рассказывал вам про "завалы" (pile-ups). Ваша собственная ДНК далеко не всегда входит в состав самых известных завалов, но может входить в состав менее известных. Если вы не на Анцестри, то можетe чуть-чуть проимитировать результаты их алгоритма "Timber" (про который я рассказывал в моем старом ответе на ваш вопрос), скачав таблицу всех совпадающих сегментов и построив гистограмму количества совпадений по позициям на хромосомаx. Это будет на удивление неоднородное распределение. Некоторые участки вашей ДНК оказутся в гигантских пиках такой диаграммы, с гораздо бОльшим числом совпадений, чем в среднем. Можетe считать эти участки вашими "персональнами завалами", и относиться к совпадениям в этих участках с соответствующим сомнением.

У меня такой «персональный завал» на 10-й хромосоме, вдали от теломер и центромеры. В списках известных завалов этого места нет. Завал виден как в импортированном MyHeritage, так и в первоисточнике, FTDNA. Длина - 16сМ. Совпаденцы географически «правильные», из моего уезда, но неблизкие, общий родственник не позже середины 19 века. Друг с другом незнакомы. Чем можно объяснить такой завал?

хая шулькина · #1844 **хая шулькина** » 10 фев 2025, 05:22

mashax писал(а): ↑
09 фев 2025, 04:39
У меня такой «персональный завал» на 10-й хромосоме, вдали от теломер и центромеры. В списках известных завалов этого места нет. Завал виден как в импортированном MyHeritage, так и в первоисточнике, FTDNA. Длина - 16сМ. Совпаденцы географически «правильные», из моего уезда, но неблизкие, общий родственник не позже середины 19 века. Друг с другом незнакомы.

И вот тут начинается самая занудная работа...Каждому написать,попросить пригласить как гостя в древо.У вас уже есть общие места рождений,зайти в Jewish gen,поискать по фамилиям дальних предков их родителей в рождениях,браках.
В нашей истории много пробелов-Холокост,эмиграция до революции,уничтоженные архивы в синагогах...

dimaioffe · #1845 **dimaioffe** » 16 фев 2025, 20:42

ЛияК писал(а): ↑
04 фев 2025, 08:54

проект днк Gedmatch по Витебской губернии одобрен и запущен!

Имеет смысл присоединяться, если витебский только дед? А отец (позже будут еще данные моей мамы)?

ЛияК · #1846 **ЛияК** » 28 фев 2025, 15:32

dimaioffe писал(а): ↑
16 фев 2025, 20:42

ЛияК писал(а): ↑
04 фев 2025, 08:54

проект днк Gedmatch по Витебской губернии одобрен и запущен!

Имеет смысл присоединяться, если витебский только дед? А отец (позже будут еще данные моей мамы)?

присоединяйтесь, ненужное не покажет, а если перекрестное, то уж с совпаденцами будете сами разбираться, откуда связь )

#1847 **MCB** » 18 май 2025, 02:44

Евреи-ашкеназы - просто итальянцы по ДНК, с небольшой ближневосточной примесью??? Нет, просто замечательный новый метод анализа геномов на происхождение предков перестает работать на глубинах более 12 поколений назад.

Новая статья генетиков из компании OmnicsEdge из Майами https://www.nature.com/articles/s41467-025-59936-3 усовершенствовала алгоритмы "раскраски хромосом" по наиболее вероятному предковому происхождению каждого из хромосомных сегментов. В первую очередь их интересовала, конечно, генетика смешанного населения Латинской Америки, но одним из их самых больших источников данных служил Британский Биобанк, а там было немало евреев и меньшинств из Африки и Азии. По латиноамериканцам у них всё разложилось по полочками очень даже замечательно. Индейских корней было в целом больше всего в Перу, итальянских - в Аргентине, британских и африканских - на некоторых карибских островах... Хорошо определились исторические меньшинства - ашкеназы Аргентины, японцы Бразилии и Перу, потомки индийских подневольных рабочих в Гайане.

А вот с евреями-ашкеназами вышло неожиданно: 2/3 Италии, 1/6 Леванта, большая часть остатка - регион Турции / Ирака / Ирана, а восточноевропейских предков меньше 2%. Отчего такая фигня?
Тут надо объяснить, как работает алгоритм OmnicsEdge. Они сравнивают реальную последовательность ДНК с образцами из других современных народов, и рассчитывают, сколько раз надо перетасовать фрагменты из какого-либо народа, чтобы получилось в точности как есть в исследуемой последовательности. Сам так делал для похожих целей, но у них получился более быстрый алгоритм. Проблемы, однако, в нём есть, в первую очередь двух сортов:
1. Современные народы нередко сильно отличаются от древних предков (например, Левант сильно изменился генетически после арабизации), а представители современных народов в Британском биобанке особенно сильно отличаются (например, из Ирака уезжали в первую очередь евреи и христиане; доходит до смешного - большинство уроженцев стран Аравийского полуострова в биобанке оказались британцами по крови, а не арабами!).
2. Чем глубже в прошлом произошло смешение народов, тем на меньшие фрагменты раздробились, перемешиваясь, их ДНК, и, чтобы воссоздать такую степень раздробления и смешивания, алгоритму OmnicsEdge придется перетасовать сегменты ДНК современных народов столько много раз, что алгоритм отбросит такую идею как малоправдоподобную. Авторы сами пишут об этом. В их тестировании, их алгоритм хорошо работал на глубине 6 поколений, и более-менее правдоподобно до 12 поколений (это примерно 300 лет). Но более древние смешения народов их алгоритм вряд ли раскроет сколь-либо правильно.

В истории ашкеназского народа, смешение со славянами было около 20 поколений назад, а с народами Западного Средиземноморья и того глубже, более 50 поколений назад.

А почему всё-таки современные итальянцы оказались ближе всего к ашкеназам при таком анализе? А просто потому, что оба народа сложены одинаково древним смешением схожих народов - западных и восточных средиземноморских. Но у евреев восточно-средиземноморская компонента существенно выше, естественно, и поэтому даже сравнительно неточный из-за древности смешения анализ всё-таки определяет часть современной еврейской ДНК как родственную современным народа Леванта. А вот разбитая на мельчайшие крохи славянская ДНК в таком анализе остается почти невидимой. В реальности у ашкеназов, в зависимости от региона их происхождения, может набраться до 20-25% славянской ДНК, но мелко измельченной...

Откуда в анализе OmnicsEdge в ашкеназской ДНК вылезает до 10% сегментов, более похожих на иммигрантов из Ирака или Турции или Ирана, сказать труднее, но я подозреваю, что это из-за потомков балканских, багдадских и персидских евреев в этих иммигрантских популяциях.

Nicolay · #1848 **Nicolay** » 20 май 2025, 06:27

Биотехнологическая компания Regeneron приобретет 23andMe из банкротства за 256 миллионов долларов, с планом поддержания бесперебойной работы компании по тестированию ДНК и соблюдения ее обещаний по защите конфиденциальности.
В своем объявлении о приобретении Regeneron заверила 15 миллионов клиентов 23andMe, что их данные, включая генетическую и медицинскую информацию, генеалогию и другую конфиденциальную личную информацию, будут в безопасности и в надежных руках. Regeneron намерена использовать большой массив генетических данных для продолжения своей собственной работы с использованием генетики для разработки медицинских достижений — то, что 23andMe пыталась сделать, но не смогла.
https://arstechnica.com/science/2025/05 ... -for-256m/