ДНК тесты и генеалогия

Сообщение

avramenko · #1641 **avramenko** » 30 сен 2009, 00:14

MCB: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017) (+2024)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), ( + 2020), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018) (+2019) (+2020 )
Насколько схожи другие еврейские народы с ашкеназами и друг с другом (2020)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

#1642 **MCB** » 21 авг 2021, 01:30

Molka писал(а): ↑
20 авг 2021, 18:53
501,9

по опытным данным ISOGG, есть заметная вероятность, что это троюрдная. Для них нормальный диапазон достигает 598 сМ. Но не дальше чем троюрдные, если только не может быть сразу по 2м линиям родство

kogank · #1643 **kogank** » 21 авг 2021, 01:45

MOCKBA, по моему опыту для троюродных нормальный диапазон в два раза меньше а по данным сайта что я привел при 501см шанс что это троюродные сестры меньше 5%

#1644 **MCB** » 21 авг 2021, 02:04

kogank писал(а): ↑
21 авг 2021, 01:45
диапазон

это доверительный интервал, значение выходит за его пределы только в одном случае из 20. Но в статистике это часто достаточно часто, чтобы считать нормальным. У нас же, обычных исследователей, до 20 и выше троюрдных доходит редко

и поэтому нам диапазон может казаться сильно уже.

#1645 **MCB** » 21 авг 2021, 02:06

kogank писал(а): ↑
21 авг 2021, 01:45
диапазон

это доверительный интервал, значение выходит за его пределы только в одном случае из 20. Но в статистике это считается достаточно часто, чтобы считать нормальным. У нас же, обычных исследователей, до 20 и выше троюрдных доходит редко

и поэтому нам диапазон может казаться сильно уже.

kogank · #1646 **kogank** » 21 авг 2021, 02:23

MOCKBA, мы с вами предполагаем вероятности из статистических данных
сайт что я привел имеет следующую статистику для троюродных сестер

2c.png

и такую статистику для скажем двоюродной племянницы

1c1r.png

если предположить что данные сайты верны то шанс на троюродных сестер при 500см при других альтернативах ничтожно мал

#1647 **Elena G.** » 02 сен 2021, 15:06

В компании FTDNA появился новый инструмент - Chromosome painting, который наглядно показывает этно-географическую композицию каждого отрезка хромосомы. На их схеме все выглядит очень логично - каждая хромосома состоит из двух "колбасок" - одна от папы, другая от мамы.

2.png

Но когда я посмотрела результаты своей родственницы, у который отец 100 % русак из Мордовии-Поволжья, а мать - еврейка-ашкенази, картина оказалась на такой ясной. Видно, что в "еврейской" половинке хромосомы встречаются и не-еврейские кусочки и наоборот.

1.png

Второй пример - мать 100% еврейка-ашкенази, отец - украинец.

3.png

Чем это можно объяснить? Недостаточно разработанными референтными группами? Или каким-то древним общим пластом, имеющимся и у евреев и у не-евреев?

kogank · #1648 **kogank** » 02 сен 2021, 16:04

Elena G., очень непонятный инструмент, как это они могут разделить одну хромосому на две параллельные линии ?

Marijya · #1649 **Marijya** » 02 сен 2021, 17:27

У меня такая же проблема- хаотично разбросаны ашкеназские сегменты между хромосомами в каждой паре у отца, который ровно на 50% Ашкенази.

#1650 **MCB** » 03 сен 2021, 01:41

Elena G. писал(а): ↑
02 сен 2021, 15:06
На их схеме все выглядит очень логично - каждая хромосома состоит из двух "колбасок" - одна от папы, другая от мамы.

Раскидываются маркеры по двум хромосомам методом фазирования, который я сам активно использую в работе. Эти методы весьма неточны. Каждые несколько сот маркеров, фаза теряется, то есть две предполагаемые хромосомы могут перевернуться. Потеря фазы ожидается в сотнях позиций на геном. Однако фазу можно попробовать восстановить, если предположить, что фрагменты, схожие с одним этническим компонентом, находятся по соседству на одной хромосоме из фазы. К сожалению, на фрагментах длиной всего в сотни маркеров не всегда можно хорошо определить, ашкеназские они или славянские. Поэтому не всегда фаза распределяется правдоподобно. Насколько аккуратно в конце концов сойдется - зависит от плотности маркеров и качества референтного набора. На 23andMe я видел очень правдоподобные результаты раскрашивания хромосом у полукровок в первом поколении, правда, англо-еврейской смеси. Но у них по западноевропейцам гигантский референтный набор , и плотность маркеров втрое выше. А славяне вообще имеют намного больше сходства с ашкеназами по ДНК, да к тому же референтные наборы славян восточной Европы очень слабые.

Но на моем примере такого теста, раскраска разумная. Видно, что одна хромосома почти вся восточноевропейская (хотя процентов 5, возможно, покрасили как еврейскую по ошибке), а другая почти вся еврейская (но тоже процентов 5 покрашено ошибочно)

kogank · #1651 **kogank** » 03 сен 2021, 12:47

MOCKBA, вижу вы в этом разбираетесь, тогда объясните пожалуйста.
учитывая что обе линии содержат одинаковые позиции то как относится в том же FTDNA к совпадениям в Chromosome Browser ?
например в этом примере может быть что что между красным с синим совпадения нет, а со мной у каждого совпадает разные линии ?

Screenshot_20210903-123127_Chrome.jpg

относительно painter, в моем случае где отец предположительно 100% ашкеназ, а у матери есть три разные примеси, painter находит те же самые три примеси у отца, в сумме примерно по 2% от каждой, что думаю очень маловероятно и похоже на ошибку. при этом почти во всех местах гда у отца есть разрыв у матери тоже не ашкеназийские маркеры

#1652 **MCB** » 04 сен 2021, 02:47

kogank писал(а): ↑
03 сен 2021, 12:47
учитывая что обе линии содержат одинаковые позиции то как относится в том же FTDNA к совпадениям в Chromosome Browser ?

Хотел бы я, чтобы они показали по отдельности, кто совпаденец по "верхней" и кто по "нижней" хромосоме. А то совпаденцев-неашкеназов совсем невозможно найти среди множества ашкеназских совпадений. Но почему-то никто этого не делает. 23andMe уже очень давно раскрашивает хромосомы, но тоже не показывает, кто из совпаденцев по какой из копий ((

#1653 **MCB** » 04 сен 2021, 20:51

PS: У меня есть загадочная архангельская прабабушка Пелагея Кирилловна, про род которой мне совсем ничего не удается найти. Вопрос, конечно, не о еврейской генетической генеалогии, но косвенно он этом - как разделить ашкеназские и неашкеназские совпадения по ДНК. Я даже сделал себе полное секвенирование генома, поскольку полные геномы фазировать легче, чем данные с микрочипов, как у фтДНК. Но все равно фазировка сбоит. Референтных геномов ашкеназов у меня нет, и поправить сбои фазировки по хромосомной раскраске я не смог бы, но количество совпаденцев по тому или иному сегменту "верхней" и "нижней" хромосом тоже может помочь определить, какая из двух - ашкеназская на этом участке. Но, увы, увлекся другим и руки так и не дошли.

Marijya · #1654 **Marijya** » 04 сен 2021, 21:03

А меня интересует, почему еврейские сегменты, общие с сегментами жителей Латинской Америки, чьи предки последний раз жили в Евразии 500 лет назад, называются " европейские евреи" и " ашкеназы".)) Причем латиноамериканцы, обнаружив эти сегменты, используя в своих целях совпадения с восточноевропейскими евреями, объявляют себя потомками сефардов. А ашкеназы - не потомки сефардов, хоть и имеют те же самые сегменты.

#1655 **MCB** » 05 сен 2021, 07:23

Marijya писал(а): ↑
04 сен 2021, 21:03
ашкеназы - не потомки сефардов, хоть и имеют те же самые сегменты.

Я не очень понял вопрос. Большинство латиноамериканцев имеет отдаленных предков - сефардов. У ашкеназов же тесты предсказывают наличие сефардсккой ДНК в первую очередь потому, что в референтную группу современных сефардов включены сефарды Балкан, которые, хотя по культуре сефарды, но по происхождению смешаны с ашкеназами. Об этом я уже писал. Но вас же не удивляет, что общие сегменты ДНК встречаются у троюродных, хотя никто из них не предок других? Чем труднее думать о ашкеназах, как об исторических кузинах, но не потомках, сефардов?

Marijya · #1656 **Marijya** » 05 сен 2021, 07:45

В origin 3 у моего отца нет сефардской компоненты. Но в списке матчей есть дальние "кузены" из Латинской Америки с сефардскими корнями. Они разделяют с моим отцом общие сегменты. То, что сегменты имеют сефардское происхождение мне подтвердил исследователь Кевин Брук. Но эти сегменты отсутствуют в современной референтной группе сефардов. Они обозначены у моего отца в FTDNA, как ашкеназские.

#1657 **Simona** » 05 сен 2021, 08:47

Marijya писал(а): ↑
05 сен 2021, 07:45
В origin 3 у моего отца нет сефардской компоненты. Но в списке матчей есть дальние "кузены" из Латинской Америки с сефардскими корнями. Они разделяют с моим отцом общие сегменты. То, что сегменты имеют сефардское происхождение мне подтвердил исследователь Кевин Брук. Но эти сегменты отсутствуют в современной референтной группе сефардов. Они обозначены у моего отца в FTDNA, как ашкеназские.

а на MH?

Marijya · #1658 **Marijya** » 05 сен 2021, 12:47

И на MH.

На GedMatch в некоторых калькуляторах есть.
А ещё у моего отца очень интересная митохондриальная гаплогруппа. Я сделала полный сиквенс на FTDNA. Она встречается только у евреев, причем как у ашкеназов, так и сефардов. В журнале Nature ей посвящены несколько статей. Она обнаружена у криптоевреев в Португалии, в Браганзе, а также у сефардов в Болгарии. И вот каким- то образом за сотни лет добралась до Украины.

Marijya · #1659 **Marijya** » 05 сен 2021, 13:29

Eurogenes EUtest V2 K15 4-Ancestors Oracle

Using 2 populations approximation:
1 50% Romanian +50% Romanian @ 3.778814

Using 3 populations approximation:
1 50% Croatian +25% Georgian_Jewish +25% Spanish_Galicia @ 3.131218

Using 4 populations approximation:
+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
1 Croatian + Georgian_Jewish + Spanish_Castilla_Y_Leon + Ukrainian_Lviv @ 2.465736
2 Croatian + Georgian_Jewish + Spanish_Extremadura + Ukrainian_Lviv @ 2.503612
3 Georgian_Jewish + Moldavian + Russian_Smolensk + Spanish_Castilla_Y_Leon @ 2.615176
4 Georgian_Jewish + Spanish_Andalucia + Ukrainian_Lviv + Ukrainian_Lviv @ 2.622283
5 Georgian_Jewish + Moldavian + South_Polish + Spanish_Castilla_Y_Leon @ 2.650554
6 Belorussian + Georgian_Jewish + Moldavian + Spanish_Extremadura @ 2.652002
7 Georgian_Jewish + Moldavian + Polish + Spanish_Castilla_Y_Leon @ 2.660387
8 Georgian_Jewish + Moldavian + Spanish_Castilla_Y_Leon + Ukrainian_Lviv @ 2.662365
9 Croatian + Georgian_Jewish + Spanish_Castilla_Y_Leon + Ukrainian @ 2.673403
10 Georgian_Jewish + Lithuanian + Romanian + Spanish_Galicia @ 2.694892
11 Georgian_Jewish + Lithuanian + Serbian + Spanish_Castilla_Y_Leon @ 2.698283
12 Belorussian + Georgian_Jewish + Moldavian + Spanish_Castilla_Y_Leon @ 2.701005
13 Croatian + Georgian_Jewish + Portuguese + Ukrainian_Lviv @ 2.702632
14 Georgian_Jewish + Moldavian + Russian_Smolensk + Spanish_Extremadura @ 2.703714
15 Croatian + Georgian_Jewish + Spanish_Extremadura + Ukrainian @ 2.707907
16 Georgian_Jewish + Lithuanian + Serbian + Spanish_Extremadura @ 2.732744
17 Croatian + Georgian_Jewish + Russian_Smolensk + Spanish_Galicia @ 2.734817
18 Croatian + Georgian_Jewish + Spanish_Murcia + Ukrainian_Lviv @ 2.742911
19 Estonian_Polish + Georgian_Jewish + Moldavian + Spanish_Castilla_Y_Leon @ 2.744874
20 Georgian_Jewish + Moldavian + Polish + Spanish_Extremadura @ 2.762490

Marijya · #1660 **Marijya** » 05 сен 2021, 13:47

Dodecad K12b 4-Ancestors Oracle

Least-squares method.

Using 1 population approximation:
1 Bulgarian_Dodecad @ 6.249749
2 Romanians_Behar @ 6.467978
3 Bulgarians_Yunusbayev @ 7.581914
4 O_Italian_Dodecad @ 14.797062
5 Greek_Dodecad @ 17.631498
6 N_Italian_Dodecad @ 19.846199
7 C_Italian_Dodecad @ 19.860781
8 Hungarians_Behar @ 19.887405
9 TSI30_Metspalu @ 20.107819
10 Tuscan_HGDP @ 20.336313
11 North_Italian_HGDP @ 23.011211
12 Ashkenazy_Jews_Behar @ 23.925735
13 Ashkenazi_Dodecad @ 24.033968
14 Sicilian_Dodecad @ 24.257761
15 S_Italian_Sicilian_Dodecad @ 24.351120
16 German_Dodecad @ 25.469908
17 French_Dodecad @ 27.969305
18 French_HGDP @ 28.100872
19 Mixed_Germanic_Dodecad @ 28.880104
20 Baleares_1000Genomes @ 29.932796

Using 2 populations approximation:
1 50% Polish_Dodecad +50% Sephardic_Jews_Behar @ 3.256183

Using 3 populations approximation:
1 50% Bulgarians_Yunusbayev +25% Lebanese_Behar +25% Swedish_Dodecad @ 1.775396

Using 4 populations approximation:
+++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++++
1 Cypriots_Behar + Norwegian_Dodecad + Russian_B_Behar + Sephardic_Jews_Behar @ 1.064804
2 Hungarians_Behar + Mordovians_Yunusbayev + Sephardic_Jews_Behar + Sicilian_Dodecad @ 1.071770
3 Hungarians_Behar + Mordovians_Yunusbayev + S_Italian_Sicilian_Dodecad + Sephardic_Jews_Behar @ 1.115862
4 Bulgarian_Dodecad + Morocco_Jews_Behar + O_Italian_Dodecad + Russian_HGDP @ 1.250724
5 Ashkenazi_Dodecad + Cypriots_Behar + Dutch_Dodecad + Russian_HGDP @ 1.259007
6 Hungarians_Behar + Russian_HGDP + S_Italian_Sicilian_Dodecad + Sephardic_Jews_Behar @ 1.259798
7 Hungarians_Behar + Russian_Dodecad + S_Italian_Sicilian_Dodecad + Sephardic_Jews_Behar @ 1.263244
8 Baleares_1000Genomes + Bulgarians_Yunusbayev + Lebanese_Behar + Russian_B_Behar @ 1.294858
9 Hungarians_Behar + Russian_HGDP + Sephardic_Jews_Behar + Sicilian_Dodecad @ 1.296098
10 Hungarians_Behar + Russian_Dodecad + Sephardic_Jews_Behar + Sephardic_Jews_Behar @ 1.306628
11 Hungarians_Behar + Mordovians_Yunusbayev + Morocco_Jews_Behar + S_Italian_Sicilian_Dodecad @ 1.336051
12 Cypriots_Behar + German_Dodecad + Russian_HGDP + Sicilian_Dodecad @ 1.345124
13 Baleares_1000Genomes + Bulgarian_Dodecad + Lebanese_Behar + Russian_B_Behar @ 1.362145
14 Hungarians_Behar + Russian_Dodecad + Sephardic_Jews_Behar + Sicilian_Dodecad @ 1.382237
15 Cypriots_Behar + Mixed_Slav_Dodecad + Sephardic_Jews_Behar + Swedish_Dodecad @ 1.418490
16 Finnish_Dodecad + Romanians_Behar + S_Italian_Sicilian_Dodecad + Sephardic_Jews_Behar @ 1.426940
17 O_Italian_Dodecad + Romanians_Behar + Russian_HGDP + Sephardic_Jews_Behar @ 1.432447
18 Ashkenazi_Dodecad + Cypriots_Behar + Mixed_Germanic_Dodecad + Russian_HGDP @ 1.434134
19 FIN30_1000Genomes + Romanians_Behar + Sephardic_Jews_Behar + Sicilian_Dodecad @ 1.437520
20 Bulgarian_Dodecad + O_Italian_Dodecad + Russian_HGDP + Sephardic_Jews_Behar @ 1.438933

#1661 **MCB** » 05 сен 2021, 23:32

Marijya писал(а): ↑
05 сен 2021, 13:47
Dodecad

Эти калькуляторы очень устарели, но никогда надежно с евреями не работали. Не следует удивляться, что находятся очень дальние "кузины" в Латинской Америке на фтДНК. Тем более, если у них есть "турецкие" / балканские сефардские корни, ведь среди тамошних сефардов характерна заметная примесь ашкеназской ДНК. Продолжали они смешиваться и уже после эмиграции. Только что, например, я написал про одну из ветвей в моей генеалогии, где ашкеназ из Махновки в 1950-х женился на дочери сефардов из Турции в Мексике. А фтДНК известна тем, что рассматривает исключительно короткие сегменты и неполные совпадения как "родство", так что от них вообще можно ожидать самых странных совпаденцев.