ДНК тесты и генеалогия

Сообщение

avramenko · #1661 **avramenko** » 30 сен 2009, 00:14

MCB: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017) (+2024)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), ( + 2020), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018) (+2019) (+2020 )
Насколько схожи другие еврейские народы с ашкеназами и друг с другом (2020)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

#1662 **Simona** » 05 сен 2021, 23:55

MOCKBA
Кстати, хотела спросить. Как следует рассматривать новую этно-раскраску хромосом на стыках, раньше вы говорили не обращать на них внимания из-за манипуляций фтдна.

#1663 **MCB** » 06 сен 2021, 02:27

Simona писал(а): ↑
05 сен 2021, 23:55
Как следует рассматривать новую этно-раскраску хромосом на стыках

В смысле в центромерах, которые изображаются как перетяжечки или серые участки? Естественно, они не информативны насчет этносостава, так же, как они менее информативны и для определенных совпадений. Но для раскраски это особого значения не имеет, посколько за пониженной информативностью, центромеры почти всегда получают раскраску соседнего, более информативного региона, и получается нормально.

Правила раскраски всегда такие - начинаешь оттуда, где было лучше всего видно, и продолжаешь тем же цветом в сторону менее информативных соседних сегментов. Если дальше снова тот же этнический состав, то все продолжается одним цветом, а если другой, то находишь примерную границу между участками и там меняешь цвет.

Marijya · #1664 **Marijya** » 06 сен 2021, 03:03

MOCKBA писал(а): ↑
05 сен 2021, 23:32

Marijya писал(а): ↑
05 сен 2021, 13:47
Dodecad
Эти калькуляторы очень устарели, но никогда надежно с евреями не работали. Не следует удивляться, что находятся очень дальние "кузины" в Латинской Америке на фтДНК. Тем более, если у них есть "турецкие" / балканские сефардские корни, ведь среди тамошних сефардов характерна заметная примесь ашкеназской ДНК. Продолжали они смешиваться и уже после эмиграции. Только что, например, я написал про одну из ветвей в моей генеалогии, где ашкеназ из Махновки в 1950-х женился на дочери сефардов из Турции в Мексике. А фтДНК известна тем, что рассматривает исключительно короткие сегменты и неполные совпадения как "родство", так что от них вообще можно ожидать самых странных совпаденцев.

Некоторые из совпаденцев на данных сегментах имеют наборы на сайтах GedMatch и Myheritage. И там они тоже совпадают с моим отцом по этим же сегментам.

#1665 **Simona** » 06 сен 2021, 10:13

MOCKBA писал(а): ↑
06 сен 2021, 02:27

Simona писал(а): ↑
05 сен 2021, 23:55
Как следует рассматривать новую этно-раскраску хромосом на стыках
В смысле в центромерах, которые изображаются как перетяжечки или серые участки? Естественно, они не информативны насчет этносостава, так же, как они менее информативны и для определенных совпадений. Но для раскраски это особого значения не имеет, посколько за пониженной информативностью, центромеры почти всегда получают раскраску соседнего, более информативного региона, и получается нормально.

Правила раскраски всегда такие - начинаешь оттуда, где было лучше всего видно, и продолжаешь тем же цветом в сторону менее информативных соседних сегментов. Если дальше снова тот же этнический состав, то все продолжается одним цветом, а если другой, то находишь примерную границу между участками и там меняешь цвет.

а если у меня таки окрашено в другую этногруппу ( в общей сложности 0.7%, и мы считаем это шумом, но почему-то фтдна их оставляет). У меня по 3й версии 99.3 ашкеназ и 0.7 северного леванта, у отца 100%, у брата нет леванта, он тоже 99+ ашкеназ, а матери не успели сделать. Я пытаюсь хоть как-то предположить что было бы у нее. На МН мы с братом уже сильно отличаемся от отца.

#1666 **MCB** » 06 сен 2021, 16:53

Simona писал(а): ↑
06 сен 2021, 10:13
а если у меня таки окрашено в другую этногруппу ( в общей сложности 0.7%

Возможно, я просто не понял вопроса. Да, если один из участков одной из хромосом раскрашен не так, как у отца, то большая вероятность, что он от матери. Вообще-то определить, какой генотип был на хромосоме, полученной от непротестированного родителя, можно и без раскраски. Для этого результаты первичной фазировки исправляются по уровню совпадения с протестированным родителем. Однако сказать что-то определенное о происхождении непротестированного родителя по небольшому фрагменту иной национальности происхождения ДНК можно нечасто. Скорее если есть несколько таких фрагментов и если именно такие отклонения раскраски редко наблюдаются в норме у носителей основных национальностей происхождения.

#1667 **Simona** » 06 сен 2021, 17:09

MOCKBA писал(а): ↑
06 сен 2021, 16:53
Возможно, я просто не понял вопроса.

я думаю вы верно меня поняли, вот образец моей 9й хромосомы с окрашенным зеленым "левантом".

9.JPG

Научите, пожалуйста, как мне воссоздать примерный "кит" для второго родителя исходя из 3х имеющихся китов отца и 2 детей?
Этносостав мне понятен, максимум есть чуток микро-шумов, хотелось бы просто искать настоящих совпаденцев. Инстументы gedmatch позволяют только при наличии другого женского образца, а таких у нас нет, все погибли в войну.

#1668 **MCB** » 07 сен 2021, 05:47

Simona писал(а): ↑
06 сен 2021, 17:09
как мне воссоздать примерный "кит" для второго родителя исходя из 3х имеющихся китов отца и 2 детей?

Увы, не знаю, есть ли какие-либо пользовательские сайты для такого рассчета. Я делал сам, фазируя генотип программой Beagle 5.0 против референтного набора 1000 Genomes, и исправляя фазу на основе качества совпадений с генотипом родителя.

Dr-Shaman · #1669 **Dr-Shaman** » 07 сен 2021, 09:26

Simona писал(а): ↑
06 сен 2021, 17:09
Инстументы gedmatch позволяют только при наличии другого женского образца, а таких у нас нет, все погибли в войну.

Мне казалось, что у них надо взять родитель+ребенок и получится фазировать второго родителя.
В вашем случае повторить для всех пар отец/ребенок. Но вот как этих "новых" матерей соединить в 1 набор я не знаю.

#1670 **Simona** » 07 сен 2021, 15:31

Dr-Shaman писал(а): ↑
07 сен 2021, 09:26

Simona писал(а): ↑
06 сен 2021, 17:09
Инстументы gedmatch позволяют только при наличии другого женского образца, а таких у нас нет, все погибли в войну.
Мне казалось, что у них надо взять родитель+ребенок и получится фазировать второго родителя.
В вашем случае повторить для всех пар отец/ребенок. Но вот как этих "новых" матерей соединить в 1 набор я не знаю.

когда я покупала их абонемент, можно было только сфазировать совпаденцев для родитель ребенок, что для полных ашкеназов совершенно абсолютная фигня.
Также была возможность сфазировать кит для женщины при наличии китов по исключительно женской линии.
Что у них там есть теперь они не светят по непонятной причине, совсем никаких подробностей, но не думаю что что-то изменилось, наверняка новые инструменты были бы ими оповещены большой рекламной акцией.

хая шулькина · #1671 **хая шулькина** » 12 сен 2021, 16:36

- да здравствуют сайты Ancestry и Elisisland, по первому нахожу данную семью в переписях 1900-1930 годов Если можно,обьясните популярно для новичка,на что нажимаете,куда приходите...Спасибо большое.

#1672 **MCB** » 13 сен 2021, 14:48

хая шулькина писал(а): ↑
12 сен 2021, 16:36
куда

мне кажется, самый подходящий раздел про эти источники здесь
viewforum.php?f=173
Поскольку переписи и списки приезжающих бесплатно доступны через familysearch. Но посмотрите и в соседних разделах

хая шулькина · #1673 **хая шулькина** » 13 сен 2021, 15:52

Уважаемый Москва,мой вопрос был по Ancestry,как посмотреть семью по переписям 1900-1930 года....Если Вы знаете,как это делать-помогите...Не надо отсылать на другие сайты...К сожалению,на my heritage and my FTDNA израильтянам не дают что-то искать тем,кто делал тест на Ancestry...Или платить...что не всегда оправдывает...например,мой родственник платит,а пользоваться не дают-выталкивают....Остается Gedmatch...Поэтому меня заинтересовало,как получить возможность смотреть переписи 1900 года

nadiaperl · #1674 **nadiaperl** » 23 ноя 2021, 11:44

Добрый день, помогите разобраться качественно, без предположений и выдумок
Моя гаплогруппа HV5a
Из научной статьи Дорон М. Бехар о еврейских гаплогруппах, определяемых по женской линии есть факт, что из 8 млн. живущих ашкеназских евреев, принадлежат к 4 основным гаплогруппам (K1a1b1a, K1a9, K2a2, N1b).
Помогите более детально разобрать, может есть генетики
Всем спасибо!

Абрашка а-Шомер

FF.jpg

Черная пятница на FTDNA.

Абрашка а-Шомер

nadiaperl писал(а): ↑
23 ноя 2021, 11:44
Добрый день, помогите разобраться...

Может быть это поможет.

#1677 **MCB** » 23 ноя 2021, 17:35

nadiaperl писал(а): ↑
23 ноя 2021, 11:44
HV5a

Главные 4 типа ашкеназских мтДНК - не единственные, характерные для евреев-ашкеназов, а только самые характерные (их находят у 60%+ ашкеназов Западной Европы, несколько менее половины ашкеназим б. СССР ). Эти 4 типа мтДНК достались евреям от праматерей, перешедших в иудаизм в Западном Средиземноморье, возможно, Франции, Испании или Италии. Но сохранились и более старые мтДНК с Ближнего Востока, и сравнительно поздно пришедшие в еврейский генофонд балто-славянские мтДНК (примерно "только" 500 лет назад)
HV5a - один из редких характерно еврейских подтипов ашкеназской (в особенности литвацкой) мтДНК, о происхождении которой совсем мало известно, потому что общий корень этого типа ДНК был тысячелетия назад; родственные ей мтДНК HV5b найдены на Среднем Востоке, но родство такое отдаленное, на глубине 10 тысяч лет, что пути странствий этих ДНК покрыты мраком.
https://yfull.com/mtree/HV5/

nadiaperl · #1678 **nadiaperl** » 23 ноя 2021, 18:43

MOCKBA писал(а): ↑
23 ноя 2021, 17:35
один

Как это понимать?

nadiaperl · #1679 **nadiaperl** » 23 ноя 2021, 18:46

MOCKBA писал(а): ↑
23 ноя 2021, 17:35
HV5a

То есть...эта гаплогруппа малоизучена и не относиться к еврейской?

recutita · #1680 **recutita** » 23 ноя 2021, 18:59

русским по белому написано, что "HV5a - один из редких еврейских подтипов ашкеназской (в особенности литвацкой) мтДНК". Непонятно, что она редкая или что еврейская?

nadiaperl · #1681 **nadiaperl** » 23 ноя 2021, 19:04

recutita писал(а): ↑
23 ноя 2021, 18:59
Непонятно

Понятно...