ДНК тесты и генеалогия

[avramenko]

MOCKBA: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017) (+2024)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), ( + 2020), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018) (+2019) (+2020 )
Насколько схожи другие еврейские народы с ашкеназами и друг с другом (2020)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

[MCB]

хромосома Х 12.5СМ и 39.5СМ
Можно из этого попытаться понять сколько женщин в цепочке?

Можно, но очень неточно. Вряд ли меньше 3-х и вряд ли больше 6.

[MCB]

!	Сообщение модератора: MOCKBA
	перенес из фамильной темы дискуссию о том, какая степень родства соответствует 3-4-%-ному совпадению, и нельзя ли предсказать это точнее

имеющаяся степень совпадения более вероятна для двух троюродных сестер вашего дедушки или же двух троюродных племянников.

Я всегда теряюсь, когда автор открытым текстом говорит, что шарад не любит. Это, наверное, означает, что ответ надо подать на блюдечке с каемочкой? Но я, честное слово, не слежу за этой темой и не знаю подробностей. Вопрос про 3-4% совпадения? Это наверняка родство. Может быть троюрдные или дети или родители троюрдных. Может быть дети или внуки двоюрдных. Но наверняка ближе четвероюрдных.
https://isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_st ... sion_3.jpg

[Pimenov]

троюрдные или дети или родители троюрдных.

Дедушка топикстартера лет на 25-30 старше предполагаемых (точнее заведомых, но неизвестно по какой линии) родственниц, которые приходятся друг другу двоюродными сестрами и их отцы родились на севере Черниговской губернии в начале 1920-х,
причем одна из фамилий общих бабушки и дедушки этих двоюродных сестер --- Карасик --- распространена именно в этой местности, а про Немчиков с ненулевой вероятностью найдена искомая семья Немчиковых в Мглинском списке 1882 года, но мало точек ля соспоставления.

Степень совпадения Shared DNA/The longest segment
293,9‎ cM/69,5‎ cM

и 231,4‎ cM/47,2‎ cM

не знаю, какое у МH поставлено отсечение по длине сегментов, пусть уточнит топикстартер.
Правильно ли я понимаю, что при таких цифрах надо смело считать, что длиннейший сегмент --- истинный, а не примыкание двух близких кусочков, про которое вы рассказывали?

Отец дедушки топикстартера родился в Сосницах в 1904, а мать под Полоцком в 1910, так что мы считаем, что совпадение по отцу.
Хотя нельзя исключать, что родители друг другу родственники.
Про семтю отца неизвестно ничего, а про семью матери известны все потомки зиблингов ее отца, про мать матери, как я понял, неизвестно ничего, кроме дат жизни, имени и фотографии.
Так что она теоретически тоже могла происходить из Черниговской губернии.

[MCB]

Правильно ли я понимаю, что при таких цифрах надо смело считать, что длиннейший сегмент --- истинный, а не примыкание двух близких кусочков, про которое вы рассказывали?

можно, но на таких ближних расстояниях средняя длина сегмента важнее, чем максимальная, потому что еще очень много общих сегментов информативной длины. 100/сред_длина = наиболее вероятная длина цепочки. С ДНК вообще много возможных осложнений, например, если есть и дополнительная линия родства (например из-за распространенных браков с кузинами или племянницами), то родство будет дальше, чем кажется. Если какие-то братья или сестры сводные, то родство будет ближе, чем кажется. Но это те самые шарады...

[Pimenov]

Ага спасибо. Будем ждать набора длин всех совпадающих сегментов.

Я то думал, что длина максимального сегмента как раз не подвержена влиянию побочных цепочек. Поскодьку сегменты, пришедшие с разных сторон не склеиваются обратнл.

[MCB]

Будем ждать набора длин всех совпадающих сегментов

Может, перетащить обратно в тему о ДНК? Вопрос-то общий. Тут просто надо знать число совпадающих сегментов, и по нему посчитать среднюю длину

Поскодьку сегменты, пришедшие с разных сторон не склеиваются обратн

Склеиваются, вообще-то. Но selection bias (систематическая ошибка выборки) отсутствует (при очень дальнем родстве сегменты такие короткие, что не проходят фильтр минимальной длины сегментов, поэтому и средняя длина больше не вычисляется, и конкретные совпадающие сегменты могут оказаться наложением меньших микросегментов, ибо без этого трудно преодолеть фильтр минимальной длины. Но при ближнем родстве все сегменты еще проходят по фильтру длины). Из-за отсутствия систематической ошибки, в целом при ближнем родстве длинам сегментов следует доверять.

Близкородственные браки предков зачастую проявляются в полном совпадении (а не полу-совпадении) сегментов (когда обе хромосомы совпадают), но только Gedmatch и 23andMe позволяют увидеть, в каких совпадающих сегментах скрыты участки полных совпадений. Ну или можно вручную сравнить сырые данные.

[Pimenov]

Тут просто надо знать число совпадающих сегментов

Да, наверное, мой вопрос про склеивание общих сегментов пришедших по разным линиям надо перенести в ДНК-тему вместе с ответом.

Там где 294сМ общих сгментов 12, т.е. длина 24,5
А там где 231сМ, общих сегментов 13, так что общая длина примерно 18сМ, так что длина цепочки от 4 до 6, как и предполагалось.
Но двоюродными они не могут быть точно.

А как статистически проявляется родство со сдвигом?

Т.е. чем отличается внучатый племянник (цепочка длины 4 или 3?) от двоюродного брата (цепочка длины 4 или 3) --- дисперсией длин?

[MCB]

Т.е. чем отличается внучатый племянник (цепочка длины 4 или 3?) от двоюродного брата (цепочка длины 4 или 3) --- дисперсией длин?

Ничем, увы, не проявляется (важно только число мейозов, то есть, на пальцах если объяснять - сколько раз перетасовывалась ДНК). Иногда можно что-то догадаться о сравнительном числе мужчин и женщин в цепочке по фрагментам на Х-хромосоме (посколько она не тасуется при передаче от отца), но это всего лишь одна хромосома и статистики тут не набрать, как правило.

[MCB]

Правильно ли я понимаю, что при таких цифрах надо смело считать, что длиннейший сегмент --- истинный, а не примыкание двух близких кусочков, про которое вы рассказывали?

можно, но на таких ближних расстояниях средняя длина сегмента важнее, чем максимальная, потому что еще очень много общих сегментов информативной длины. 100/сред_длина = наиболее вероятная длина цепочки. С ДНК вообще много возможных осложнений, например, если есть и дополнительная линия родства (например из-за распространенных браков с кузинами или племянницами), то родство будет дальше, чем кажется....

Только что пришлось разбираться со случаем брака между двоюрдными и что впоследствии наблюдается с совпадениями ДНК у внуков этой пары.

У одного из моих Черницких появилось новое совпадение на 23andMe. Лучшее в списке. Лучше известных троюрдных и четвероюрдных! 153 сМ (2%), 7 сегментов, то есть можно предположить, что 4-5 родственников в цепочке.

При просмотре списка общих совпаденцев с этой калифорнийкой Jeri нашелся ее двоюрдный брат Jerry, но с ним совпадение менее убедительное: 1.15%, 8 сегментов (скорее уж тогда 10 родственников в цепочке). По количеству ДНК, то есть, совпадение может быть даже троюрдным, скорее 4-юродным, но. может быть, и 5-ти - но сегменты такие в среднем короткие, что скорее на 5-юрдное родство тянет.

На обширном древе этих совпаденцев Jeri & Jerry ничего знакомого не нашлось, но их общие бабушка и дедушка оказались двоюрдными (https://www.geni.com/family-tree/index/ ... 2869919581), так что легко объяснить, почему общей ДНК многовато. Но у Jeri еще и пара длинных сегментов. Видимо, наложились все-таки!

[Pimenov]

1.15%, 8 сегментов

интересно, чем объяснить, что в более хорошем совпадении сегментов меньше?
Случайное склеивание, т.е. неточность теста?

Получается, что тестированный Черницкий должен происходит от прапрадеда этих кузин Быховского или его жены?

[MCB]

1.15%, 8 сегментов

интересно, чем объяснить, что в более хорошем совпадении сегментов меньше?
Случайное склеивание, т.е. неточность теста?

Получается, что тестированный Черницкий должен происходит от прапрадеда этих кузин Быховского или его жены?

Необычно длинный сегмент там единственный, в 58 сМ в самом начале 15-й хромосомы (рядом с заштрихованной неинформативной зоной). В нем одном содержится 38% общих сентиморганов, и 33% общей физической длины cовпадающих сегментов ДНК, но надежно ли совпадение в этом месте, не былo ли в этом сегменте "дыр", сказать без загрузки на GEDmatch нельзя. Именно эта зона в начале 15-й хромосомы является классическим местоположением "завалов" артифактных совпадений у Myheritage, кстати.

Семейка на древе, конечно, интересная - старая алия XIX еще века, но один из детей переселенцев не вынес палестинской жизни и уехал в Сан-Франциско, опоздав из-за картежной игры на Титаник, по легенде. И затем выписал кузину из родного Ходоркова. С классической еврейской раковой мутацией, как я понимаю, от которой она и скончалась в 40 лет. Но с их корнями мы быстро упираемся в дофамильный период.

Некоторые короткие сегменты могут быть и вовсе не от гипотетического общего предка. Тут-то процент общей ДНК гораздо ниже, чем 3-4%, которые мы недавно обсуждали, и систематическая ошибка выборки играет роль. Возможно, без дополнительных случайных сегментов мы бы просто не обратили внимание на такое совпадение...

[MurMarilly]

Я всегда теряюсь, когда автор открытым текстом говорит, что шарад не любит.

ну.. строго говоря, я написала что я в них не сильна.....а когда результаты теста днк видишь первый раз и всего 2 дня в жизни....ну наверное кого то и чертежи коллайдера в тупик не ставят)))) уж извините....каемочек мне ненужно, но от помощи бы не отказалась)))
Может вопросы и выглядят глупо для тех кто в теме как рыба в воде...видимо больше их задавать не стоит.
Простите что отнимаю время!

[MurMarilly]

не знаю, какое у МH поставлено отсечение по длине сегментов, пусть уточнит топикстартер.

Если я верно понимаю, стоит не менее 5 сМ...
Можно поставить галочку что б учитывал и меньшие отрезки

[Yuliia1111]

Интересно сравнить полученные результаты ДНК-тестирования с однофамильцами (а возможно потенциальными родственниками).
Эдельштейн (Каховка) - Q1b1a (Y-хромосома)
Энтин, Непомнящий, Шкловский (Стародуб, Новозыбков?) - интересно сравнить по данным аутосомного тестирования (Family/Relative Finder).
Мом данные есть в Family Tree DNA и 23andMe. Продублированы также в GEDmatch.

Добрый день.
Нашла вообще сообщение по поиску фамилии Непомнящий. Делала тестирование в my Heritage для мамы. Предки Непомнящие из Каховки. По прапрабабке фамилию, к сожалению, не знаю, но знаю, что все они были из тех краев.
Если ещё интересно и актуально, то я бы с удовольствием сравнила результаты.

[edelstein]

Добрый день.
Нашла вообще сообщение по поиску фамилии Непомнящий. Делала тестирование в my Heritage для мамы. Предки Непомнящие из Каховки. По прапрабабке фамилию, к сожалению, не знаю, но знаю, что все они были из тех краев.
Если ещё интересно и актуально, то я бы с удовольствием сравнила результаты.

Но мои Непомнящие были по линии бабушки, то есть с Черниговщины. Но сравнить результаты, конечно, можно. Было бы интересно.

[Annanirwanna]

Подскажите, пожалуйста, могут ли результаты какого-либо из генетических тестов быть приняты в консульстве в кач-ве доказательства наличия еврейских корней?
Хочу принять участие в программе Таглит, подтверждение нужно для нее.

[MCB]

в консульстве

быстрый ответ - нет. Подробности здесь.
viewtopic.php?f=95&t=5851
Более развернуто - наш форум не занимается консульскими проблемами. Только историей и генеалогией.

[Dr-Shaman]

Annanirwanna, где-то я встречал инфу, что какой-то суд Израиля признал результаты митоднк в качестве доказательства. Но там был всего 1 случаи и какие-то еще условия, точно не помню. Поэтому на потоке принести результаты днк и использовать ее как доказательство еврейства не получится. А если судиться и т.п., то это долго, и не уверен, что имеет смысл ради вашей цели.

MyHeritage заблокировал возможность заказа тестов из России.

Я только хотел купить, для родственников и друзей, штук 7-10... Придется теперь искать другие пути.

[MRK]

Annanirwanna, где-то я встречал инфу, что какой-то суд Израиля признал результаты митоднк в качестве доказательства.

Не путайте человека - ДНК-тест не является доказательством еврейства ни для консула, ни для раввинатского суда. Точка.
А та "инфа", которую Вы встречали, была о том, что раввинатский суд принял анализ ДНК в качестве ДОПОЛНИТЕЛЬНОГО доказательства родства соискателя с человеком, еврейство которого доказано документами. При этом тест делался в специализированной лаборатории, а не в коммерческих компаниях. Так что мы возвращаемся к тому, для чего и предназначен наш форум - надо искать документы...

[Alexey_VB]

MRK, всё же не совсем так. В Раввинате в Москве для подтверждения еврейства рав Исроэль Баренбаум использует тест mtДНК, если подтверждающих еврейство документов, на его взгляд, не достаточно. Список документов http://ravvinat.ru/ru/departments/ackno ... _of_jewry/ тот же, что и для консула в Посольстве. Тест на mtDNA гаплогруппу в лаборатории YSEQ https://www.yseq.net/product_info.php?products_id=56652

Прочитайте https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC1380291/ "Четыре основные mtDNA Ашкенази: K1a1b1a, K1a9, K2a2a и N1b. Гаплогруппы Ашкенази K1a9 и K1a1b1a у не евреев не встречаются."

Обсуждали ровно год назад viewtopic.php?f=95&t=197&p=192623&hilit ... BC#p192623

Раввин Баренбаум из Москвы получил сейчас приз Минздрава Израиля за книгу о проверке еврейства по мтДНК

Выпущена книга об использовании ДНК тестов для доказательства еврейства. http://www.virtualgeula.com/Stock/Books/Show/11921
Что самое важное в этой книге? Не методики (изложенные внятно и разумно), они были известны и до нее. А то, что она была написана двумя раввинами и была одобрена двумя главными раввинами Израиля. То есть - может использоваться раввинатскими судами для разрешения спорных вопросов.