ДНК тесты и генеалогия

[avramenko]

MOCKBA: Тема переживает взрывное развитие - половина новых страниц всего за один год из почти десятилетней истории темы. Тут и технические советы и вопросы, и рассказы об удачах или удивительных открытиях, и обсуждение распродаж ... Поскольку ориентироваться в такой многостраничной ветке стало трудно, я собрал самые важные ссылки в первое сообщение и прикрепил его.

Общая информация о хромосомах, наследовании, и переменчивости ДНК (2009)
Про три типа тестов: аутосомный, Y-хромосомы и ДНК митохондрий (мтДНК) (2010); Подробнее про те же три типа анализов, со ссылками (2012)

Полезные ссылки: какая часть генома наследуется при разных степенях фактического родства (в среднем, а не у ашкеназов)
http://www.isogg.org/wiki/Autosomal_DNA_statistics ; http://dna-explained.com/2013/09/29/why ... my-cousin/
и насколько больше совпадений бывает между ашкеназами

Как меняется с дальностью родства длина совпадающих сегментов (2017) (+2024)
Как работает "раскраска хромосом" по этническому происхождению ДНК (2017), ( + 2020), почему народы России оказываются за пределами списков этнических ДНК в результатах анализов (2017) и как усовершенствования техники анализа все-таки позволяют "поставить страны Восточной Европы" на карту этнического состава хромосом (2018)

+ Исследования исторической генетики евреев (тема эта развивается быстро с развитием технологий и с ростом охвата населения генетической генеалогией, так что самые старые источники могут оказаться менее точными)
"Впервые сопоставив полные геномы евреев из общин разных стран, ученые установили единство их происхождения, точные сроки, когда эти группы разошлись, и географию их древних миграций." (2014)
Из какого генетического теста сделаны собственно ашкеназы (2018) (+2019) (+2020 )
Насколько схожи другие еврейские народы с ашкеназами и друг с другом (2020)
и более узко-технически: что происходит в ДНК, если праотцы-мигранты берут праматерей из местных (2017)

[Alexey_VB]

В четверг на проходящей RootsTech предствитель FTDNA Dr. Paul Maier предствил новый myOrigins 3.0 - количество этнических популяций в скором времени будет увеличено с 24 до 90.
https://dna-explained.com/2020/02/28/sn ... rsion-3-0/

[Alexey_VB]

Для доступа из России к разделу ДНК на сайте MyHeritage используйте VPN (например HOLA Free VPN - интегрируется в Chrome) и в настройках учетной записи смените Россия на другую страну (но не Израиль .
Заказ наборов тестов, как и прежде, возможен в Украину и Белоруссию, а в Россию теперь через почтового посредника - как из AncestryDNA и 23andMe.

Еще вариант для тех, кто не хочет возиться с почтовыми посредниками: заказать киты Family Finder (на распродаже) в FTDNA, затем загрузить файлы с полученными результатами (Raw DNA Data) на MyHeritage. Правда для этнического калькулятора и полной функциональности анализа тестов потребуется разблокировка (за $29?), но не всем это необходимо.

[MRK]

для подтверждения еврейства рав Исроэль Баренбаум использует тест mtДНК, если подтверждающих еврейство документов, на его взгляд, не достаточно.

раввинатский суд принял анализ ДНК в качестве ДОПОЛНИТЕЛЬНОГО доказательства

Кажется, мы говорим об одном и том же...

[Alexey_VB]

Кажется, мы говорим об одном и том же...

Вы правы, но я оказался чуть глубже в этой теме, хотя не могу делиться всеми секретами, но в ряде случаев у претендентов на еврейство документы (почти) совсем отсутствуют и в Раввинате используется не только тест mtДНК, но и аутосомный, ведь не каждому еврею везет родиться с исключительно еврейскими K1a9 или K1a1b1a и даже с K2a2a или N1b. Не всегда тесты ДНК приносят ясность, в том числе и аутосомные с горскими евреями, которые пока не выделены в отдельную этническую группу ни в одной компании, знаю про проект Beta-тестирования "эталонной группы" горских евреев в 23andMe.
Кстати, по моему опыту, в Раввинате требования к документам строже, чем у консула

[MCB]

для подтверждения еврейства рав Исроэль Баренбаум использует тест mtДНК, если подтверждающих еврейство документов, на его взгляд, не достаточно.

раввинатский суд принял анализ ДНК в качестве ДОПОЛНИТЕЛЬНОГО доказательства

Кажется, мы говорим об одном и том же...

Технически говоря, не об одном и то же. У Баренбаума лаборатория московская, с меньшими техническими возможностями, поэтому они используют мтДНК, а это помогает от силы половине кандидатов. В Израиле лаборатория помощнее и использует аутосомную ДНК и родство "вообще", а не более ограниченные возможности мтДНК

Но я хочу напомнить участникам обсуждения, что тема нашего форума - ИСТОРИЯ И ГЕНЕАЛОГИЯ евреев. А не репатриация, Таглит, или признание еврейства судами. Просьба ко всем меньше отвлекаться на непрофильную тематику.

[MCB]

Сефарды особенно разнообразны, от групп, весьма похожих на ашкенази в Болгарии и Турции, до более генетически отдаленных ливийских и тунисских групп. Конечно, это служит дополнительной иллюстрацией проблем с разделением между сефардскими и ашкеназскими компонентами ДНК, с которыми многие из нас не по наслышке знакомы

Из кулуаров конвенции Rootstech: Ancestry работает над "сефардской проблемой" и надеется различить по сегментам ДНК не "сефардов вообще", а конкретные, более генетически однородные сефардские общины, например, Салоникскую

[Melamory80]

Есть у меня на 23andme группа из пяти юзеров включая моего отца которые по моему впечатлению происходят из моей линии Теслеров, у всех между собой совпадения от 100-330 см, куски по 25-70 см и двое имеют это фамилю в дереве. Очень мало информации фактической и деревьев нет, вот пытаюсь понять в какую стороны копать

Трое из них ближе между собой чем к остальным -

JR , женщина , shared DNA :

JR+EB 223cm, largest 34 cm, 24.35 cm on X

JR+DF 330cm, largest 52 cm, 19+7 cm on X

EB - DF 145 largest 32 cm


Сравнила со похожей ситуацией где известные родственники по стороне бабушки и там очень похожая статистика у папы и детей и внуков его троюродных..

Как вероятна моя версия что JR двоюродная тетка DF а EB скорее всего еще на поколение младше и между собой они трооюродный дядя и племянница?

[Pimenov]

пяти юзеров включая моего отца

Все пять между собою не связаны?
И на gedmatch из них никто не загрузился?



Я бы считал EB и DF по умолчанию четвероюродными или, как вы говорите троюродными дядей/племянницей.
Так что если JR и EB из более старшего поколения, то первая из них может оказаться для DF двоюродной теткой, а вторая --- троюродной. А между собой они троюродные сестры.

[Марго]

Получила сегодня два набора из MyHetritage. А те родственники, которые соглашались сдать анализ, отказались. Кому-нибудь нужны эти наборы, учитывая неоднозначную ситуацию с отправкой? Я отправила вопрос в службу поддержки MyHeritagу. Очень любезный сотрудник написал мне, что можно спокойно отправлять, составил инструкцию и просил сообщить ему трек-номер, чтобы он сам отслеживал прохождение посылки.

[Melamory80]

Я бы считал EB и DF по умолчанию четвероюродными или, как вы говорите троюродными дядей/племянницей.
Так что если JR и EB из более старшего поколения, то первая из них может оказаться для DF двоюродной теткой, а вторая --- троюродной. А между собой они троюродные сестры.

Спасибо канадским некрологам - таки JR двоюродная сестра мамы DF , обе урожденные Зайчик из Канады с остальными непонятно, жду может кто-то еще из них отзовется..

[MCB]

В 4-м номере журнала Avotaynu вышла заметка Адама Брауна о текущем состоянии ДНК-проекта по Y-хромосомам, разрабатываемого под эгидой журнала. На мпй взгляд, выводы уже очень интересные. Но для начала Адам Браун предупреждает нас, что классические "базовые" панели СТР-маркеров, предлагаемые такими компаниями, как фтДНК, малопригодны для еврейской генеалогии. На заре технологии анализа, предлагались тесты 12 или 25 маркеров (теперь "базовый" уровень - 37 СТР-маркеров). Из поколения в поколение, СТР маркеры видоизменяются; их цифровое значение имеет тенденцию чаще сползать к среднему значению, чем удаляться от среднего. Поэтому потомки праотцов с разными гаплотипами чаще становятся ближе друг к другу с течением веков, даже если когда-то были менее схожи, пишет Браун. Так, зачастую люди утверждают, что их предки были сефарды, на основании того, что их Y-хромосома близко совпадает с каким-нибудь носителем испанской фамилии. В действительности такие совпадения в базовых анализах могут означать, что общий предок с "испанцами" был пару тысяч назад, а совсем не 500. И дело тут, естественно, не в беженцах от инквизиции!

Для задач еврейской популяционной истории и генеалогии, Браун предлагает использовать Y-СНИПы вместо маркеров СТР. Ибо СНИПы, раз возникнув, практически никогда не меняются. Чем больше сыновей у отцов в какой-то исторический период, тем больше заново возникших СНИПов переходит к потомку. В ашкеназских игрек-хромосомах на основе их секвенирования они видят две такие волны ускоренного роста ашкеназского населения, примерно 1200 и примерно 600 лет назад ("волна Карла Великого" и "заселение Польши и Литвы"), проявляющиеся в необычном богатстве вариации игрек-хромосом.

В сравнении с этим, у Сефардов и Мизрахим, таких следов быстрого роста населения не наблюдается, за одним важным исключением. Часть сефардов Северной Италии, Балкан и Турции также показывает следы гипервариабельности Y-хромосом, характерной для ашкеназов. Вывод генетиков очевидный - что в эти регионы, пограничные с ашкеназским миром, переселялись и ашкеназы, воспринявшие после этого местные обычаи и ставшие в культурном плане такими же сефардами, но привнесшие ДНК извне. (Как мы уже обсуждали, частичние сходство турецко-балканских сефардов с ашкеназами, но уже по аутосомной ДНК, вставляет палки в колеса этническим калькуляторам "сефардскости")

Другой вывод проекта еще более удивительный. У евреев налицо гаплотипы Y-дНК, схожие с нееврейскими жителями Иберии. Но общие корни, оказывается - не 500 лет назад (не во времена насильного обращения сефардов в католическую веру), а скорее 1500 лет назад. Браун предполагает, что в поздне-римскую эпоху язычники Западного Средиземноморья могли принимать иудаизм, и так одно и те же игрек-хромосомы оказались в двух руслах истории, и ссылается на статью Паулы Фредериксон 2010 года.

[MCB]

Браун предлагает использовать Y-СНИПы вместо маркеров СТР

По-моему в теме не было ссылки на блог beholdgenealogy, где сравнивается содержание разных аутосомных тестов (включая СНИПы на Y, ибо не секрет, что я сторонник хороших анализов игрек-хромосомных СНИПов, которые для ашкеназов могут быть гораздо информативнее, чем базовые СТР-анализы). Обратите внимание на таблицы числа СНИПов по хромосомам, в которой современный чип 23andMe указан с 3733 Y SNPs, Ancestry - 1729 Y SNPs, MyHeritage - 482 Y SNPs. Есть и ссылка на поименные списки СНИПов.
http://www.beholdgenealogy.com/blog/?p=2700

[vitalyka]

ибо не секрет, что я сторонник хороших анализов игрек-хромосомных СНИПов, которые для ашкеназов могут быть гораздо информативнее, чем базовые СТР-анализы

Позволю себе проиллюстрировать разницу в достоверности на собственном примере.
У меня недавно появились 2 совпаденца, которые разделили со мной снип, ранее являвшийся моим приватным. Т.е. на сегодня этот снип обнаружен у 3-х евреев и больше ни у кого.
Очевидно, что у нас был общий предок, с которым и приключилась эта мутация, и расстояние до которого (в годах) у всех нас одинаково (как, впрочем, и у всех остальных ныне живущих евреев, не обладающих этой мутацией).
Все мы (трое) располагаем ещё и результатами теста Y-111 (он самый дорогой маркерный тест, охватывает аж 111 маркеров, но мы как-то осилили).
Внимание! Дистанция с одни из этих совпаденцев у меня составляет 8 аллелей, а с другим - только 2.
Видимо, предки того, с которым дистанция 8, прожили бурную жизнь, ни в чём себе не отказывали, в т.ч. и в лишних аллелях. А мои предки (и того, второго, где дистанция 2) как-то поскромничали. И в результате маркерный тест даёт абсолютно ложную картину в отношении того, кто к кому ближе.

[Dr-Shaman]

Нужен совет, как интерпретировать результаты.

Есть я и мой совпаденец. 1 сегмент 28,3 сМ.
Совпаденец, ашкенази из Австрии/Румынии.
У меня около 20% ашкенази, которые целиком пришли со стороны мамы (32%), а ей достались от дедушки (50%) и бабушки (20%).

То что совпадений нет у с мамой, может говорить или о том, что совпадения через папу (но там точно нет), или через очень дальнего предка, но вот эту идею я что-то не очень понял, хоть и биолог. Как у потомка может оказаться больший сегмент совпадения, чем у предка? Что с чем скомбинировалось, чтоб получилось?

Если идут только еврейские ветки вроде понятно - Был древний предок с сегментами АБ. Его дальние потомки по разным линиям, несущие отдельно А и отдельно Б передали своему ребенку и у него тоже получилось АБ. Если эти А и Б мелкие довольно, то могут идти разными путями и в итоге 2 человека, несущие АБ показываются как совпаденцы, в то время как родители не фигурируют в совпадениях, т.к. размер меньше трешхолда. А вот как это объяснить в моем случае, если все что есть еврейского у меня точно должно быть и у мамы?

[MCB]

Есть я и мой совпаденец. 1 сегмент 28,3 сМ.
Совпаденец, ашкенази из Австрии/Румынии.
У меня около 20% ашкенази, которые целиком пришли со стороны мамы (32%), а ей достались от дедушки (50%) и бабушки (20%).

То что совпадений нет у с мамой,

Для вводной, единственный сегмент и такой существенной длины - это указывает на какую-то техническую ошибку. Возможно, на ошибочное удлиннение совпадающего сегмента в "области завалов" или на перекрытие сегментов от разных предков. Но, как бы то ни было, это не настоящее родство, и интерес в исследовании ситуации тут скорее теоретический. (В последнем случае важно знать, какие лаборатории и версии тут задействованы, и где располагается сегмент).

Не очень понятно также, откуда известно, что у матери совпадения нет (это та же лаборатория, или другая) и что известно про совпадения отца. Технические заскоки - они требуют технических подробностей для понимания, а не биологических.

А с биологической точки зрения - все изложено разумно, но надо добавить, что общих предков у всех ашкеназов много (не единственный), причем некоторые из них славяне (и имеют потомков и среди славян)

[Dr-Shaman]

Спасибо, про технические проблемы я не подумал.

Мой и мамин анализ был в FTDNA с перенесением результатов в Myheritage. У совпаденца анализ видимо сразу был в там же.
У нас есть 5 разных участков, 28,3 сМ самый большой. Суммарно 57 сМ.

Про то, что общих предков было несколько это понятно. У меня папина ветка не славянская, 100% Северный Кавказ, на многие поколения без примесей. Но в теории у совпаденца (живет в США) может быть предок потомок мухаджиров - выходцев с Кавказа, о которых он не знает.

[MCB]

FTDNA

если в одно время проанализированы, то вряд ли будет разница... А у нее вообще нет сегмента в 28 см, или есть часть его?

[MCB]

У евреев налицо гаплотипы Y-дНК, схожие с нееврейскими жителями Иберии. Но общие корни, оказывается - не 500 лет назад (не во времена насильного обращения сефардов в католическую веру), а скорее 1500 лет назад. Браун предполагает, что в поздне-римскую эпоху язычники Западного Средиземноморья могли принимать иудаизм

Первая глава этой истории рассказавалась на страницах того же журнала "Авотайну" еще в 2016 году ( https://www.academia.edu/25638614/Y-DNA ... view-paper ). Как любой масштабный проект под эгидой фтДНК, их затея страдала от дороговизны анализов, но организаторы подошли к делу довольно систематично - определили по СТР наиболее отличающихся членов их субклады R-FGC20767, сделали им полное секвенирование в рамках анализа BigY, а остальных членов по возможности протестировали на терминальные СНИПы, выявленные в ходе анализов BigY.

Интерес подогревался тем, что субклада R-FGC20767 содержала как евреев, так и испанцев, португальцев и латиноамериканцев. Причем с многими фамилиями из "сефардских списков", хотя по одной фамилии часто не разобрать, евреи ли были их предки. Но могли быть евреи.

В общем, понятно, откуда взялся азарт: раз общие Y-хромосомы у испанцев и евреев, так это же, наверное, изгнание сефардов? Правда, эти игрек-хромосомы относились к гаплогруппе R1b, которая изначально не с Ближнего Востока родом, а захлестнула Европу в ходе миграций народов Бронзового века (хотя теперь обнаружены более редкие ветви это гаплогруппы среди потомков ближневосточно-палестинского населения Бронзового века также, ведь и туда дохлестнули волны переселений народов).

И историческая картина распространения R-FGC20767 у евреев и испано-португальцев оказалась более интересной. Почти все разнообразные еврейские веточки (серые на диаграмме) сходились не менее тысячелетия назад. За 5 веков до изгнания сефардов. В главной еврейской части древа была одна маленькая сефардская веточка, "худосочные" ветви среди западных ашкеназов, и пышно разросшийся куст среди восточных ашкеназов, который даже не поместился на схему (там, где у них помечены "разные восточноевропейские ашкеназы" в числе 36 человек - там на самом деле еще буйство ветвей). Не было в этой части древа только "испанцев" - они располагались на боковых отростках древа, отсоединившихся 2, 3, а, возможно, и 4 тысячелетия назад (то есть вплоть до периода миграций Бронзового века). От главной еврейской части древа эти "испанцы" отличались по крайней мере полутора десятками СНИПов!

Получается, что корни их субклады - еще во времена переселений народов в пред-Римские времена, а евреем кто-то из ее носителей стал в 1-м тысячелетии Новой Эры, причем потомки тех новообращенных евреев есть и среди сефардов, и среди разнообразных ашкеназов, но их не нашлось среди потомков испанских выкрестов-"конверсос". И, однажды (примерно тысячелетие или полтора назад) разделившись, ашкеназские и сефардские ветви более не пересекались, не перемешивались. Сходство между ашкеназами и испанцами оказалось гораздо слабее, чем предполагали мечатели о "переселенцах в Польшу после изгнания из Испании 1492 года"

Из правила "все ашкеназы с R-FGC20767 - родня, и их древу меньше тысячелетия от роду" нашлось все-таки одно исключение, но и оно замечательно подтверждает правило. Это - веточка раввинской фамилии Харлап (R-S1327), которая, по мнению Бейдера, действительно могла быть одной из тех династических фамилий, которые существовали в до-фамильный период. Картирование в этой части древа на момент написания статьи было недостаточно точное, но современный вид такой: "испанцы" в ветви R-S1327 отличаются от "соседей-евреев" почти тридцатью СНИПами, и их линии тоже разошлись пару тысяч лет назад. Так что и в ветви с Харлапами, гипотеза происхождения от сефардов не подтвердилась - это не потомки изгнаников Инквизиции, а потомки жителей Западного Средиземноморья, перешедших в иудаизм в 1-м тысячелетии Новой Эры.
https://www.familytreedna.com/public/R- ... e=yresults

Априори, совсем нет и уверенности, что "испанские" игрек-хромосомы влились в еврейское русло именно в Испании (хотя нет сомнений, что эта и близкородственные гаплогруппы широко распространились именно по Иберийскому полуострову с первыми же вторжениями Бронзового века, хотя в определенной мере встречались и у родственных народов - кельтов Британских островов, а также на территории Франции и Италии). Дело в том, что, судя по древу еврейских игрек-хромосом, мы имеем дело с единичными случаями перехода в иудаизм, а крупные римские города, в которых поселялись евреи, были полиэтническими, и выходцы из других народов, включая народы Иберии, там жили бок о бок с евреями. На территории же собственно Иберии, в первые два столетия после разрушения Второго Храма и начала массовой запдной диаспоры, доказательства какого либо присутствия евреев очень слабые (по большей части писания еврейских ученых времен Реконкисты, которые тщились доказать, что якобы поселились в этох местах еще с вавилонских времен, чтобы их не обвиняли в распятии Христа).

[Dr-Shaman]

если в одно время проанализированы

Хм, время анализа еще. Маме делал примерно на 1,5 года раньше чем себе. А в МХ заливал сразу почти как результат появился.
У нее вообще нет такого совпаденца среди 14000 других. А у меня из 7000 он есть. Поэтому думаю, что с папиной стороны должен быть, но все наши общеие с ним совпаденцы явно с еврейскими генами (фамилии/древа и т.п.).
Вот я и не могу понять как такое вообще может быть :/

[MCB]

У нее вообще нет такого совпаденца среди 14000 других. А у меня из 7000 он есть. Поэтому думаю, что с папиной стороны должен быть, но все наши общеие с ним совпаденцы явно с еврейскими генами (фамилии/древа и т.п.).

То есть среди общих совпаденцев (Review DNA match") маминого анализа вообще нет? С ума сойти. Да, тогда я начинаю верить, что у кого-то не все предки такие, как предполагается, то ли у вашего отца кто-то был из евреев, то ли к тому родственнику затесались мухаджиры. Сразу несколько сегментов обрести из-за технических ошибок - такое предполагать еще страннее. То, что список общих совпаденцев состоит в основном из евреев, ни о чем особом не говорит, поскольку и у вас, и у него большинство совпадений еврейские в каждом случае...